평범한 고등학생 쿠로노 케이는 어느 날 지하철에 주정뱅이가 떨어지는 것을 보고 사람이 실제로 죽는 걸 볼 수 있겠다며 기대에 차있다. 하지만 역에서 우연히 만난 초등학교 친구였던 카토 마사루가 같이 도와주자는 바람에 선로로 내려갔다가 지하철에 부딪혀 목숨을 잃는다. 그리고 목숨을 잃음과 동시에 정체불명의 검은 구체가 있는 방으로 전송되어, 구체에서 나온 무기와 슈트를 가지고 정체불명의 성인들과 사투를 벌이게 된다.
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
도쿄에 사는 소년 '타키'와 시골에 사는 소녀 '미츠하'는 서로의 몸이 뒤바뀌는 신기한 꿈을 꾼다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들. . 반복되는 꿈과 흘러가는 시간 속, 마침내 깨닫는다