주인공 최강 x 이세계 전생 착각 시리어스 코미디 시드 카게노는 전생에 숨은 실력자를 동경하고 있었고 핵폭탄에도 견디는 타인을 돕고 사라지는 그림자 실력자를 동경하고 있었다. 힘을 기르기 위해 수행하고 있던 와중 교통사고로 목숨을 잃고 이세계 시드 카게노로 전생한다. 이세계에서 그림자 실력자 설정을 즐기기 위해 망상으로 설정해둔 디아볼로스 교단을 설정한 시드. 그런데 그 교단이 실제로 존재하는 것 같은데?
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
