마법이 기술로 체계화 되어 약 1세기가 지난 2095년 4월. 마법사를 육성하는 국립 마법 대학 부속 제1 고등학교, 통칭 ”마법과 고교”두 남매가 입학했다. 한 사람은 마법사로 치명적인 결함을 안고 있는 ”열등생”의 오빠ㆍ타츠야. 또 한 사람은 완전 무결의 마법사로 칭송되는 ”우등생”의 여동생ㆍ미유키. 연인으로 오해 할 정도로 단란한 두 사람이지만, 불과 몇 년 전까지는 마치 안주인과 하인처럼 차가 워진 관계였다....
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
