2199년, 가밀리스와 평화 협정을 맺은 야마토는 코스모리버스 시스템을 받아 지구로 귀환하고 있다. 하지만 지구로 돌아가던 그들 앞에 갑자기 의문의 함대가 나타나는데...!
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때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
그 이름이 입에 오르내리던 것은 이미 오래 전부터의 일. 올랑드 박사가 사람의 목소리를 받아적는 기계를 만들었다. 처음엔 사랑하는 아내를 위해 만들었던 기계였지만 언제부턴가 세계에 보급되고 그것을 대출·제공하는 기관도 생겼다. 「고객님이 원하신다면 어디든 달려가겠습니다. 자동 수기 인형 서비스 바이올렛 에버가든입니다.」 이야기책에서 튀어나온 것 같은 모습에 금발 벽안을 가진 여자는 무기질의 아름다움 그대로 영롱한 목소리로 그렇게 말했다.
