먼 미래 우주세기 ‘정력’. 우주세기에서 일어나는 전쟁은 밝혀지지 않는 역사의 일부분으로 잠겨있었다. 달의 여왕 디아나 소렐은 지구로 귀환하기 원했고, 지구에 선발파견조사대로 소년, 소녀들을 보낸다. 로랑 세아크는 달의 민족 문 레이스와 지구인들의 평화를 바라고 있었다. 그는 선발파견조사대로 선택되어 지구로 향한다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
