여신의 가호를 받고 ‘디바인 나이트’가 되어 거대한 왕국을 세운 위대한 영웅왕 잉그리스. 나라와 백성을 위해 몸 바쳐 살아온 그는, 죽음을 목전에 두고 “다음 인생에서는 자유롭게 살면서 실력을 갈고닦고 싶다”고 소망한다. 이후 여신의 도움으로 무사히 환생한 잉그리스. 하지만 새롭게 태어난 그는 명문 기사 가문의 ‘딸’아이로 태어나다 심지어 6살 무렵에는 기사로서 재능이 없다는 선고를 받은 상황인데….
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.