400년 전 인류는 스스로가 만든 궁극 자율사고형 생체병기 '파괴신 앙스라삭스'에 의해 일어난 대파괴로 인해 멸망한다. 이때 과학 문명은 완전히 사라지고 지형마저 바뀌었으며 생태계마저 변해버렸다. 그후 앙스라삭스는 갑자기 나타난 용전사에 의해 쓰러져 봉인된다.
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
