배경은 현대 일본, 21살 동갑인데다가 한자는 다르지만 발음이 같아 이름이 똑같이 '나나'인 두 여자 고마츠 나나와 오사키 나나 두 '나나'가 우연히 같은 날 같은 이유로 동시에 도쿄 상경기차에 나란히 앉게되고, 또 우연히 같은 집에서 살게 된 두 주인공의 사랑과 인생을 그려나간다.
마법소녀 마도카☆마기카 시작의 이야기 - 극장판1 . 마법소녀 마도카☆마기카 영원의 이야기 - 극장판2 . 마법소녀 마도카☆마기카[신편] 반역의 이야기 -극장판3
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
