고고학 강사이자 보험조사원이라는 독특한 직업을 가진 사람. 전 SAS 특수부대 교관 출신으로 천부적 생존술사. 그가 지금 세계곳곳의 미스테리를 풀기 위해 수많은 위험과 정면으로 맞닥뜨린다.뛰어난 순발력과 상상못할 파워, 번개같은 두뇌회전, 통쾌한 액션으로 상식을 뛰어넘는 문제를 해결하는 키튼. 바로 우리가 기다렸던 이시대의 영웅이 지금 우리에게 다가오고 있다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.