용사 토토는 실력은 있지만 극도의 낯가림으로 파티원을 구성하지 못한 채 모험을 떠나기 일쑤였다.
그런 그에게, 시엘・아네모네・고어의 3명의 미녀가 파티를 구성하자며 말을 꺼내왔다!
그러나, 그녀들의 목적은 용사의 목숨이었다…!?
최강 용사를 쓰러뜨리기 위한 3명의 암살 공주 들의 전쟁이 시작된다!!
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
