13세 왕자로 태어난 '노아 아라라트'는 본래 제위 계승에 관련될 입장이 아니라서 자신에게 주어진 영지에서 자유롭게 살았다.
그러나 황태자가 황제보다 먼저 죽음에 따라 제위 계승은 남은 왕자들 사이에서 공평하게 경쟁되었다.
단지 왕자로 제멋대로 사는 바람에 최강의 힘을 얻은 노아는, 그 힘으로 무심코 다른 왕자들을 압도해 이윽고 지상 최고의 권력자인 황제가 되어 버린다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
