시대를 알 수 없는 먼 옛날 '쥬신'이라는 나라에는 '암행어사'라는 비밀 요원이 존재하였다. '암행어사'는 나그네를 가장한 왕의 특사로서 각 지방을 떠돌아 다니며 부패한 관리를 찾아내 엄벌하고 서민을 구하는 '쥬신'의 특수 관리였다. 그러나 '쥬신' 이 패망해 버린 지금 마지막 암행어사 문수와 그를 도와주는 여검사 산도만이 희망을 잃어버린 사람들을 위해 유일한 전쟁을 시작한다...
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
