거대한 우주, 새로운 전투의 시작. 당신의 심장이 다시 뛰기 시작한다. 대재앙 ‘니어 서드임팩트’가 일어난 후 14년. 에바 초호기와 함께 동결상태에 들어갔던 세 번째 아이 ‘신지’가 마침내 눈을 뜬다. 그의 기억이 멈춘 사이 세계는 ‘네르프’와 반네르프 단체 ‘뷔레’가 격돌하는 새로운 국면에 접어들어 있다. 맞서 싸울 수 밖에 없는 운명의 아이들. 그들 앞에 완전히 새로운 세계가 펼쳐지기 시작한다.
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
