전작 시스터 프린세스 1기의 인기에 힘입어 제작된 2기 TV 시리즈. 2002년 10월 2일부터 매주 수요일 심야 0시 55분에 TV토쿄를 통해 방송된다. 이번 2기에서는 1기에서의 내용과 달리 매화 마다 1명의 여동생이 등장하여 와타루를 만나 스토리 전개가 되는 옴니버스 형식이다. 1기와는 달리 12명의 동생과 오빠인 와타루가 각각 다른 곳에 떨어져 살며 마치 영상 일기를 보는듯한 느낌을 전해준다.
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그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
