때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
나루토와 사스케가 인연의 대결을 결판 지었던 2년 후 아직 전하지 못한 마음, 그 숨겨온 마음의 행방은…? 전쟁이 끝나고 평화로운 나뭇잎 마을. 나루토는 이제 전쟁 영웅이 되어 마을의 인기를 한 몸에 받는 인기남이 되어 있다. 그런 나루토를 바라보는 히나타는 자신의 마음을 전하기 위해 남몰래 짠 목도리를 나루토에게 전하고 싶지만 아직 전하지 못하고 있다. 그때 갑자기 의문의 남자가 나타나고, 그는 “너희는 곧 멸망할 운명이다. 그 전에 히나타, 널 꼭 맞이하러 오지.”라는 기묘한 말을 남긴 채 사라진다. 육도선인의 동생은 달에 쫓겨가 살고 있는데 그의 후손인 오오츠키 토네루는 권력 암투와 대결에 집중하는 지구를 보고 육도선인의 지구는 이미 실패했다고 생각한다. 이제 토네루는 달과 지구를 충돌시켜 지구를 폭파하려고 하는데… 의문의 남자 정체는 차크라의 시초이자 과거에 나루토, 사스케와 사투를 벌였던 오츠츠키 카구야의 후손. 괴뢰군을 거느린 토네리가 나타나 압도적인 힘으로 나루토 일행을 물리치고, 히나타는 결국 그의 손에 넘어간다. 그 무렵 지상에서는 쏟아지는 운석을 막는 장렬한 방어전이 한계에 다다르고 있다. 마침내 드러난 ‘진정한 최종 계획’이란?! 다가오는 지구 최후의 날, 저마다 굽힐 수 없는 마음이 시간을 초월하여 격돌한다!
