불량한 중학생 유스케는 여느때와 마찬가지로 여자친구인 케이코의 핀잔을 들으며 등교한 뒤, 그새를 참지 못하고 중간에 학교를 빠져나온다. 우연히 길에서 놀던 아이를 보고 주의를 주던 유스케는 아이가 사고를 당할 위기에 처하자 직접 뛰어들어 아이를 구한다. 이 일로 인해 목숨을 잃은 유스케. 그러나 염라대왕 jr로부터 환생을 약속받은 그는 영계 탐정으로서의 사명을 띄고 다시 한번 활약하게 된다......
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
