목소리와 진리 사이에 있는 '로고스 월드'의 폭주에 대항하기 위해 탄생한 '아쿠에리온'의 이야기

때는 미래, 갑자기 습격해온 기계 생명체 『바이스』에 의해, 인류는 지구로부터 탈출할 수밖에 없었다.우주선단 『샤드』를 통한 탈출행 도중, 인류는 바이스에 대항할 수 있는 고차원 병기 『앨리스 기어』 개발에 성공한다.앨리스 기어를 다루는 적성 『이미션』이 뛰어난 여성들은 『액트리스』라고 불렸다.이윽고 시간은 흘러, 대 바이스 조직으로서 설립된 『AEGiS』로부터 허가를 받은 민간 기업 액트리스가, 바이스 소탕을 담당하게 되었다.이것은, 『앨리스 기어』를 두른 소녀들이, 우주를 방랑하는 인류를 구하는 이야기이다!

키타 미치루는 하고 싶은 말을 제대로 못하는 소심한 소녀. 어느 날 미치루는 반 년 전의 사고에서 기적적으로 살아남은 두 사람의 동급생,아카츠키 치카와 타치바나 시토의 목에서 기묘한 링을 발견한다. 그것은 죽음을 예고하는 링... 링을 볼 수 있는 능력을 가진 미치루는 어떻게든 그들의 목숨을 구하려고 접근하지만 두 사람은 어떤 대가로 막대한 빚을 지고 있다는데? 한 소녀와 두 소년이 펼치는 죽음과 재생... 영혼의 스토리.

정력 1935년, 유럽 대륙은 전제군주 국가인 '동유럽제국연합' 통칭 제국과 왕정을 없애고 공화국이 되어서 연방국가의 형태로 있는 '대서양연방기구' 통칭 연방으로 나눠졌다. 대륙을 나눠가진 이 두 나라는 서로 좀더 많은 토지와 세력을 얻기 위해 끊임없이 싸웠고 결과 제 2차 대전으로 확대, 이런 전란의 불꽂은 연방 사이에 낀 작은 소국 갈리아 공국까지 닿게 되었다. 

무대는 잃어버린 10년의 혼란에서 벗어나, 일부 부유층만이 세상의 봄을 구가하는 '쾌락도시'로 변한 도쿄.

주인공 사이가 타츠미는, 친구인 도고시 세이지로에게서 유명인사만 출입할 수 있다는 어둠의 사교장 '롯폰기 클럽'의 잡입 취재를 의뢰받는다. 잠입에 성공한 사이가는 롯폰기 클럽의 중심에서 열리는 의식의 무녀, '여신'으로서 숭배되는 수수께끼의 소녀 텐노즈 카구라와 만난다.

사이가는 도움을 요청하는 카구라를 데리고 도망치지만, 롯폰기 클럽의 지배인 스이텐구 쵸지가 걸어놓은 욕망에 의해 특수능력을 각성한 초인 '유포리아'들에게 집요한 추적을 받는다. 그리고 사이가도 카구라와 접촉한 것으로 인해 피사체의 혼을 날려버리는 '사살(写殺) 능력'을 각성하게 되었다.

자유를 갈구하는 카구라를 위해, 그리고 평범한 사진을 촬영할 수 없게 된 자신을 원래대로 되돌리기 위해, 그들의 고독한 도피가 시작된 것이다.