여고생 쿠로누마 사와코는 평범하고 순수한 마음과는 달리 치마까지 닿을 정도로 긴 생머리를 비롯한 음산한 겉모습 때문에 학교 아이들 사이에선 3초 이상 눈이 마주치면 일주일 안에 불행한 일이 생긴다거나 귀신을 볼 수 있다거나 하는 이상한 소문이 퍼졌고 심지어 이름조차도 공포영화에 나오는 여자귀신 이름 사다코로 잘못 알려지면서 기피대상으로 낙인찍혀 버린다. 그러던 어느 날, 이런 자신을 전혀 무서워하는 기색 없이 평범한 여자애로 대해주는 남학생을 보게 된다.

보통의 중산층의 사람들이 사는 '신시가'와 유복한 집안의 사람들이 주로 사는 '구시가'로 이루어져 있는 마을 '카가미다이'  신시가에 살고 있는 주인공 '우류 신고'는 남녀공학인 '사립 카가미다이학원'의 2학년생으로, 다니던 학원은 경영난에 빠져 내년 3월에 폐교될 예정이었다. 카가미다이학원은 구시가에 있는 명문 여학원 '유이히메 여학원', 통칭 '유이죠'와의 통합이 계획되어 현재 카가미다이학원에 다니던 1·2학년은 내년 4월부터 유이죠에 편입될 예정이었다.

모든 곳이 완벽하게 통제되는 도시, NO.6 한 줌의 절망도 없는 곳에 존재하는 희망의 의미는? 2017년 근미래를 배경으로 모든 것이 완벽하게 통제되는 도시 NO.6를 둘러싼 16세 소년 시온과 생쥐의 모험을 그린 SF.  이야기의 배경으로 등장하는 도시 NO.6는 배고픔과 탄식, 전쟁도 없고 죽는 그 순간까지도 고통을 느껴볼 수 없는 신세계다. 과학 기술로 모든 게 통제되며 절대 권력 기구가 시민을 지배하는 미래 도시. NO.6에서도 엘리트만 모여 있는 '크로노스' 지구에 사는 소년이 주인공 시온이다. 그러나 12세 생일을 맞은 밤, 시온의 방에 침입한 소년 네즈미를 만나고 시온의 일상이 크게 흔들린다. 수배자인 네즈미를 도와줬다는 이유로 시온은 보장된 미래를 박탈당하고 로스트 타운으로 쫓겨난다. 시온은 'NO.6'를 증오하는 네즈미와 함께 지내면서 점점 NO.6의 감춰진 진실에 다가서게 되는데...