1995년. 일본의 한 섬에서 섬주민 800여명이 하룻밤에 모습을 감추는 전대미문의 사건이 발생한다. 원인은 불명. 마치 신이 숨겨버린 듯한 그 괴이한 사건은 이후로 '카미카쿠시(神隠) 사건'이라 불리게 되었고, 섬에는 모든 기억을 잃은 소녀 한 명만이 남겨져 있었다.  그로부터 5년 후, 16세가 된 소녀 마리는 그동안 자신을 맡아 길러준 할머니 곁을 떠나 기숙사제 여학교인 사립 카이오 학원에 편입하게 된다. 그곳에서 마리가 대면하게 된 소녀 하기노는, 반장으로서의 직무를 완벽하게 수행해 내며 다른 학생들로부터도 신망을 받는 성실한 학생이었지만, 마리의 손에 닿은 순간 폭주하여 마리에게 덤벼들어 목을 조르기 시작한다. 그 후 다른 학생들 앞에서는 아무 일도 없었다는 듯이 행동하는 하기노에게 분노와 반발심을 품으면서도, 어째서인지 마리는 하기노에게 이끌리고 만다.

부모님의 사정으로 인해 초등학교 5학년 때 정든 고향인 사쿠라노모리쵸를 떠나 토쿄로 이사했다가, 5년 만에 홀로 다시 고향으로 되돌아오게 된 고등학생 히다카 사나. 그러나 추억 속에 남아있던 그리운 마을의 풍경도, 다시 만나게 된 어릴 적 친구들도 5년 전과는 크게 달라져 있었다.  무엇보다 가장 많이 변한 것은 소꿉친구이자 첫사랑이었던 소녀 야츠시로 나나카였다. 나나카의 맑고 깨끗한 눈동자와 귀여운 미소를 띤 얼굴은 어디론가 사라져 버리고, 그녀는 어째서인지 어둡고 자신만의 세계에 갇혀 사는 소녀가 되어 있는 것이었다. 기억 속에 간직되어 있는 소중한 정경들과 갑자기 조우하게 된 현실의 차이에서 사나는 당혹을 감추지 못하는데...

물리학자인 하인츠 슈나이더를 살해했다는 혐의로 쫓기고 있는 소녀 에리스. 에리스도 미처 알지 못하는 사이에 뒷세계에서는 그녀에게 거액의 상금을 내걸고 에리스를 뒤쫓고 있었다.  현상금 사냥꾼인 나디는 멕시코의 한 시골 마을에서 에리스를 발견하지만, 어쩌다보니 다른 현상금 사냥꾼의 손에서 에리스를 구해주게 된다. 에리스는 사건의 진상을 알아내기 위해 추적자를 피해가며 남쪽으로 향하고 있었다. 그곳에는 그녀가 태어난 '고향'이 있으며, 고향에 가면 자신이 알지 못하는 과거에 대해 알 수 있을 거라고 확신하고 있었다. 그러나 에리스에게 주어진 단서는 운명을 이끌어 준다는 잉카로즈의 원석과 '우이냐이마르카'라는 수수께끼의 말 뿐.

환경파괴로 지구를 떠나 다른 혹성에 진출한 인류 중 일반인들이 돌연변이로 탄생한 '뮤'라는 초능력자들을 없애려하자 있을지 없을지도 모르는 지구를 찾아 '뮤'들이 떠나는 이야기 ...