때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
평범한 고등학생 쿠로노 케이는 어느 날 지하철에 주정뱅이가 떨어지는 것을 보고 사람이 실제로 죽는 걸 볼 수 있겠다며 기대에 차있다. 하지만 역에서 우연히 만난 초등학교 친구였던 카토 마사루가 같이 도와주자는 바람에 선로로 내려갔다가 지하철에 부딪혀 목숨을 잃는다. 그리고 목숨을 잃음과 동시에 정체불명의 검은 구체가 있는 방으로 전송되어, 구체에서 나온 무기와 슈트를 가지고 정체불명의 성인들과 사투를 벌이게 된다.
소행성의 충돌로 인해 파괴된 지상 환경을 피해 심해에 해저도시를 건설한 인류. 그런 도시에서 태어나 자란지라 육지의 생태를 알지못하는 소녀 미즈 마이아가 겪게되는 컬쳐 쇼크와 다양한 액션 에피소드!
