달이 붕괴하는 거대 재해가 발생한다. 사람들은 그 사건을 ‘로스트 아르테미스’라 불렀다. 그로부터 100년이 흘렀으나 여전히 달의 조각들이 지구로 날아와 인류를 위기로 몰아넣고 있었다. 이를 막기 위해 사람들은 아이돌을 만들었다. 아이돌은 달의 운석을 제거하기 위한 로봇이다. 아이돌을 다룰 수 있는 사람은 아이돌 마스터라 불리는 선택 받은 소녀들뿐이다. 평범한 학생인 소녀들은 아이돌을 타고 대기권 밖에서 지구로 떨어지는 운석을 파괴해야 한다. 주인공 아마미 하루카는 평범한 15세 소녀지만 아이돌마스터 오디션에 합격하여 도쿄로 상경한다. 도쿄에서 만나는 소중한 인연들. 아이돌마스터가 되기 위한 소녀들의 이야기!

숨겨진 세계인 영세를 보는 자들의 이야기!  작은 시골 마을의 중학생인 타로, 마코토, 마사유키. 아픈 과거를 지닌 세 소년들이 영세를 오가면서 숨겨진 진실에 가까워지는 성장 이야기를 그리고 있다! 

감정이 고조되면 전자파를 발산하는 소녀 에비하라 치나미. 가볍게는 컴퓨터나 휴대전화 등의 오작동에서부터 크게는 타고 있던 비행기를 추락시킬 뻔하기까지, 치나미는 그런 능력 때문에 어릴 적부터 끊임없는 사고와 소동을 몰고 다녀야 했다. 그로 인한 무수한 이사와 전학은 덤... 새로이 키치죠지의 어느 고등학교로 전학을 온 치나미는 

1995년. 일본의 한 섬에서 섬주민 800여명이 하룻밤에 모습을 감추는 전대미문의 사건이 발생한다. 원인은 불명. 마치 신이 숨겨버린 듯한 그 괴이한 사건은 이후로 '카미카쿠시(神隠) 사건'이라 불리게 되었고, 섬에는 모든 기억을 잃은 소녀 한 명만이 남겨져 있었다.  그로부터 5년 후, 16세가 된 소녀 마리는 그동안 자신을 맡아 길러준 할머니 곁을 떠나 기숙사제 여학교인 사립 카이오 학원에 편입하게 된다. 그곳에서 마리가 대면하게 된 소녀 하기노는, 반장으로서의 직무를 완벽하게 수행해 내며 다른 학생들로부터도 신망을 받는 성실한 학생이었지만, 마리의 손에 닿은 순간 폭주하여 마리에게 덤벼들어 목을 조르기 시작한다. 그 후 다른 학생들 앞에서는 아무 일도 없었다는 듯이 행동하는 하기노에게 분노와 반발심을 품으면서도, 어째서인지 마리는 하기노에게 이끌리고 만다.

환경파괴로 지구를 떠나 다른 혹성에 진출한 인류 중 일반인들이 돌연변이로 탄생한 '뮤'라는 초능력자들을 없애려하자 있을지 없을지도 모르는 지구를 찾아 '뮤'들이 떠나는 이야기 ...