Long before the era of prehistoric man, an advanced alien species inhabited Earth. Negligent of the power they held, these beings ultimately caused their own demise. However, the aliens left behind a warning to future civilizations on indestructible tablets: to destroy any remains of the ruinous technology created by their kind.

In modern times, the ARCAM Corporation and their paramilitary unit—the Spriggans—seek to seal the relics away and prevent renegade actors from exploiting their powers. Following ARCAM's recent discovery in the Ararat Mountains of what is believed to be the mythic Noah's Ark, Spriggan Yuu Ominae has been dispatched to investigate.

However, the site is ambushed by the US Machine Corps—a radical faction of the Department of Defense led by Colonel MacDougall. On the Pentagon's orders, MacDougall seeks to secure ARCAM's lead scientist and seize the artifact. Teamed up with fellow Spriggan Jean Jacquemondo, Yuu must stop MacDougall and the Machine Corps' elite soldiers from advancing on the Ark before it is too late.

[Written by MAL Rewrite]

한 노인, 그러나 모습은 인간이 아닌 동물인간이 자신이 만든 타임머신을 타고 과거로 간다. 목적은 어떤 분을 뵙는 것. 그러나 도중에 이상이 발생하고 타임머신은 도중에 추락한다. 그곳에 노인은 없고 어린 아기가 있었다.  노비타는 친구들과 같이 야구 연습을 하는데 늘 그렇듯 실수를 연발한다. 결국 공을 찾고 앉아있을 판인데 한마리의 강아지와 만나게 되고, 그 강아지가 공찾는 것을 도와주면서 친해진다. 이후 여차저차 과정을 거쳐서 강아지를 키우게된 노비타는 강아지에게 이치라는 이름을 지어준다. 그러나 노비타의 집은 애완동물을 못 키우는 상황. 그러는 판에 버려진 고양이 즈부가 합류하는 등 돌보게 되는 동물이 늘면서 노비타와 도라에몽은 점점 난처해지고 결국 엄마에게 들킬 판이 되어 뒷산으로 도망친다. 그러나 머피의 법칙이라도 되는지 뒷산에는 더 많은 수의 버려진 개와 고양이들이 있었고, 그나마 뒷산도 개발의 여파로 동물들이 살곳이 없어져가고 있었다.

특별한 바람과 만난 진구(노비타)는 그 바람을 바람돌이(후코) 라고 부르며 애정을 쏟는다. 그러던 어느 날 해안동굴에서 위험에 빠진 소녀를 구한 진구 일행은 소녀를 따라 바람을 이용하여 하늘을 날 수 있는 능력을 가진 풍사들이 사는 마을에 가게 된다. 바람의 백성과 폭풍족의 싸움에 꼭 필요한 존재인 바람돌이를 찾기 위해 폭풍족이 일행을 노리기 시작하고, 진구 일행과 바람의 백성들은 이에 대항해 싸우기 시작하는데..