서점에서 일하는 미카도 고스케는 언뜻 평범한 청년이지만 어릴 때부터 영혼이 보이는 특이체질에 시달리고 있었다. 어느날 서점에 찾아오는 제령사 히야카와 리히토가 그 체질을 알아내 권유에 의해 그의 제령사무소의 조수가 되었다. 여러가지 의뢰를 받고 제령업무를 하는 가운데, 두 사람은 형사인 한자와 히로키로부터 1년 전에 일어난 연쇄살인사건 이야기를 꺼내게 되어 그 수수께끼를 쫓게 되었다.

위험천만한 아카이 일가, 대집결!  그들이 모두 모일 때, 운명은 뒤바뀐다!    전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다.   시속 1,000km로 질주하는 진공 초전도 리니어, 범인과의 목숨을 건 마지막 결판이 펼쳐진다!

텐마 켄조는 병원장의 외동딸과 약혼한 사이로 실력과 인품이 모두 출중한 전도 유망한 뇌과 의사이다. 그러나 부정부패한 병원의 정치적 암투에 이용당하는 사이 양심의 가책을 느낀 그는 갈등을 겪는다. 이런 갈등은 뒤늦게 후송돼온 시장을 먼저 이송되어온 위급 상태의 소년보다 먼저 수술하라는 원장의 명령을 거부하면서 극에 달한다. 생존률이 낮아보였던 소년 요한은 텐마의 뛰어난 의술로 인해 목숨을 건지지만, 한낱 소년보다 사회적 인지도가 높은 시장을 더 우선시한 병원측은 끝내 시장이 숨을 거두자 병원의 평판이 떨어질 것을 우려하여 모든 책임을 텐마에게 전가한다....

어린 나이부터 초자연적인 능력으로 안전한 과학시설에 갇힌 기리하라 형제가 오작동을 막고 있던 장벽을 뚫고 탈출한 내용이다. 이 이야기는 또한 키리하라 형제를 쫓기 위해 노력하는 쿠로키 형제를 따라다닌다.

 오키나와에 사는 여고생 오토나시 사야. 아빠와 남동생, 그리고 카이와 함께 평화로운 나날을 보내고 있다. 그녀의 유일한 고민은 1년 이전의 기억을 모조리 잃어버렸다는 것...    그러던 어느 날, 의문의 첼로 연주자 하지와 만나며 사야의 일상은 단숨에 무너진다

2030년대, 탐정인 아케치 코고로를 중심으로 모인 소년 탐정단이 그들의 특별한 능력으로 사건들을 해결해나가고 있었다. 어느날, 탐정단의 일원인 하나사키 켄스케는 의문의 소년인 코바야시 요시오와 만나게 된다. 코바야시는 '수수께끼의 안개'에 의해 죽지 않는 몸이 되어 버려 다른 사람과의 만남을 꺼려하고 있는 소년이다. 하나사키는 그런 그에게 관심을 보이며 소년탐정단에 들어올 것을 권유한다. 그 둘의 만남은 세기의 범죄자인 괴인 20면상과 얽히게 되고 또 아케치 코고로와도 인연을 맺게 되는데......

사립 발트슈타인 학원의 학장인 쿠마시로 쥰이치로. 발트슈타인 학원은 오컬트 사건이 자주 발생하여 '오컬트 학원'이라 불렸다. 오컬트에 매진하느라 가정에 소홀했던 아버지 때문에 오컬트를 매우 혐오하는 마야. 그러나 아버지의 사망 이후 범인을 밝히기 위해 학생의 신분으로 오컬트 학원의 학장이 된다. 그리고 하늘에서 떨어진 남자, 우치다 후미아키를 만난다. 그는 3년 뒤 외계인에게 습격 당하는 미래를 구하기 위해 과거로 온 타임 에이전트 였다. 미래를 바꾸기 위해 노스트라다무스의 열쇠를 찾아야 한다! 미래에서 가져온 핸드폰으로 사진을 찍으면 노스트라다무스의 열쇠인지 아닌지 판명할 수 있다. 오컬트 사건을 쫓고 해결하는 마야와 후미아키의 이야기.

학교에서 친구들과 귀신 이야기를 하고 있던 타니야마 마이가 자신이 다니는 학교에 찾아온 '시부야 사이킥 리서치'의 소장이자 심령현상연구가인 시부야 카즈야를 만나서 어쩌다 보니 조수가 되어 여러 심령현상을 해결해나가는 이야기.

초인은 무구한 자를 구원한다. 그렇다면 초인을 구원하는 자는 누구인가. 그들의 이름은 『초인과』 세계가 어른이 될 때, 초인은 사라진다.