모든 곳이 완벽하게 통제되는 도시, NO.6 한 줌의 절망도 없는 곳에 존재하는 희망의 의미는? 2017년 근미래를 배경으로 모든 것이 완벽하게 통제되는 도시 NO.6를 둘러싼 16세 소년 시온과 생쥐의 모험을 그린 SF.  이야기의 배경으로 등장하는 도시 NO.6는 배고픔과 탄식, 전쟁도 없고 죽는 그 순간까지도 고통을 느껴볼 수 없는 신세계다. 과학 기술로 모든 게 통제되며 절대 권력 기구가 시민을 지배하는 미래 도시. NO.6에서도 엘리트만 모여 있는 '크로노스' 지구에 사는 소년이 주인공 시온이다. 그러나 12세 생일을 맞은 밤, 시온의 방에 침입한 소년 네즈미를 만나고 시온의 일상이 크게 흔들린다. 수배자인 네즈미를 도와줬다는 이유로 시온은 보장된 미래를 박탈당하고 로스트 타운으로 쫓겨난다. 시온은 'NO.6'를 증오하는 네즈미와 함께 지내면서 점점 NO.6의 감춰진 진실에 다가서게 되는데... 

극심한 남성 공포증에 동성애 성향을 갖고 있는 여고생 미야마에 카나코는 자신의 운명의 상대(물론 여성!)를 찾기 위해 미션계의 사립학교인 아메노키사키 여학원에 편입한다. 카나코가 처음 만난 학생은 한 학년 아래인 미소녀 시도 마리야. 어디 하나 흠 잡을 데 없이 완벽하게 카나코의 취향에 들어맞는 마리야였지만, 이런저런 사건들이 이어지면서 그만 카나코는 마리야가 실은 여장을 하고 있는 남자아이라는 사실을 알게 된다.

여고생 쿠로누마 사와코는 평범하고 순수한 마음과는 달리 치마까지 닿을 정도로 긴 생머리를 비롯한 음산한 겉모습 때문에 학교 아이들 사이에선 3초 이상 눈이 마주치면 일주일 안에 불행한 일이 생긴다거나 귀신을 볼 수 있다거나 하는 이상한 소문이 퍼졌고 심지어 이름조차도 공포영화에 나오는 여자귀신 이름 사다코로 잘못 알려지면서 기피대상으로 낙인찍혀 버린다. 그러던 어느 날, 이런 자신을 전혀 무서워하는 기색 없이 평범한 여자애로 대해주는 남학생을 보게 된다.

한 순진무구한 주인공 '나나코'가 어쩌다보니

네기 일행은 마법세계를 구하고 마호라 학원에 돌아간다. 그런데 교문에는 ‘마호라학원 중등부 졸업식’이라고 써있는 게 아닌가! 네기 일행은 혼란스러운 틈에도 졸업식을 준비하기 시작한다. 그때, 학원장실에서 네기를 호출한다. 학원장은 네기에게 네기와 동급생들과의 관계를 모조리 바꿔야 하는 결단을 내리도록 강요한다. 네기는 어쩔 줄 몰라 고민하는데……

보통의 중산층의 사람들이 사는 '신시가'와 유복한 집안의 사람들이 주로 사는 '구시가'로 이루어져 있는 마을 '카가미다이'  신시가에 살고 있는 주인공 '우류 신고'는 남녀공학인 '사립 카가미다이학원'의 2학년생으로, 다니던 학원은 경영난에 빠져 내년 3월에 폐교될 예정이었다. 카가미다이학원은 구시가에 있는 명문 여학원 '유이히메 여학원', 통칭 '유이죠'와의 통합이 계획되어 현재 카가미다이학원에 다니던 1·2학년은 내년 4월부터 유이죠에 편입될 예정이었다.