태양계 멸망 이후 천년, 인류는 시도니아라는 인공 방주를 타고 우주를 떠돈다. 하지만 시도니아를 노리는 우주 생명체 '가우나'에게 매일 생존의 위협을 받고 있다. 어느날 지하 세계에서 할아버지와 살고 있던 타니카제 나카테가 쌀을 훔치기 위해 지상으로 나온다. 붙잡혀 취조를 받게 된 그에게 신변 보호를 자처하는 사람이 나타나게 되고, 그는 모리토 조종사가 된다. 첫 출전에 '츠구모리'라는 기체에 타게 되면서 이목을 끌게 된 타니카제는 몇번의 출전을 통해 정식 조종사로 임명 받는다. 그리고 이에 자극을 받은 조종사 '쿠나토'는 그를 위험에 빠뜨리기 위한 어떤 계략을 준비하게 된다.

가우나라는 미지의 생물체에 의해 지구가 멸망하였다.  몇명의 인류만 생존하여 우주선 시도니아를 타고 가우나를 피해 새로운 행성으로 도망치고 있었다. 그리고 시도니아의 인간형 병기 모리토를 조종하는 파일럿들은 가우나와 인류의 미래를 걸고 사투를 벌인다. 타니카제 나가테는 시도니아의 깊은 지하에서 할아버지와 살고 있었다. 할아버지는 사망했고, 먹을 음식마저 떨어져서 지상으로 나오게 된다. 우여곡절 끝에 그는 함장의 지시로 모리토의 파일럿이 된다. 그리고 자원 채굴을 위해 처음으로 출격한 타니카제의 앞에 100년 만에 가우나가 다시 나타나는데......

네기 일행은 마법세계를 구하고 마호라 학원에 돌아간다. 그런데 교문에는 ‘마호라학원 중등부 졸업식’이라고 써있는 게 아닌가! 네기 일행은 혼란스러운 틈에도 졸업식을 준비하기 시작한다. 그때, 학원장실에서 네기를 호출한다. 학원장은 네기에게 네기와 동급생들과의 관계를 모조리 바꿔야 하는 결단을 내리도록 강요한다. 네기는 어쩔 줄 몰라 고민하는데……

유우토와 하루카는 수학 여행에서 함께 보내는 시간을 고대하고있다. 그러나 Shina는 마침내 Yuuto에게 자신에 대한 감정이 있다고 말하기 위해 신경을 쓴다. 이 이벤트는 하루카와 유우토 사이에 쐐기를 박아 그들이 느끼는 감정에 맞서게합니다. 

어느 마을에 살고 있는 평범한 초등학생인 난다바 나오타(6학년)는 어머니가 안 계신채 아버지와 할아버지만 있는 가정의 남자아이이다.  평범한 학교 친구들, 그리고 미국으로 유학간 형의 애인인 마미미의 묘한 육탄공세 속에서 평범하게 살고 있었다.  그러던 어느날 갑작스레 스쿠터를 타고 다니는 여자에게 치여버린 후로 머리에서 로봇이 나온다거나 뿔이 솟아난다거나 하늘에서 위성폭탄이 떨어지거나 하는 정신없는 사건들이 벌어지게 되는데...

범접할 수 없는 절대미모, 세계 콩쿠르에서 톱을 석권한 재능지존, 기품 있는 수려한 자태!! 그녀는 머리에서부터 발끝까지 백점 만점에 백점이다!!  완전무결한 그녀, 노기자카 하루카에게 아무도 모르는 비밀이 한 가지가 있으니…. 애니메이션에 열광하고 게임에 목을 매는 아키바계(흔히 오타쿠라고 하는)!!! 우연히 같은 반 아야세 유우토에게 들켜버리고 만다!! 하지만 오히려 비밀을 알게 되면서 둘은 급격히 가까워 지는데…?!

고등학교의 국어교사인 이토시키 노조무. 그의 성인 이토시키의 한자를 붙여 읽으면 절망이 되기 때문에 절망선생이 별명이기도 하다. 그리고 실제로 성격이 엄청나게 부정적이다...