사립 발트슈타인 학원의 학장인 쿠마시로 쥰이치로. 발트슈타인 학원은 오컬트 사건이 자주 발생하여 '오컬트 학원'이라 불렸다. 오컬트에 매진하느라 가정에 소홀했던 아버지 때문에 오컬트를 매우 혐오하는 마야. 그러나 아버지의 사망 이후 범인을 밝히기 위해 학생의 신분으로 오컬트 학원의 학장이 된다. 그리고 하늘에서 떨어진 남자, 우치다 후미아키를 만난다. 그는 3년 뒤 외계인에게 습격 당하는 미래를 구하기 위해 과거로 온 타임 에이전트 였다. 미래를 바꾸기 위해 노스트라다무스의 열쇠를 찾아야 한다! 미래에서 가져온 핸드폰으로 사진을 찍으면 노스트라다무스의 열쇠인지 아닌지 판명할 수 있다. 오컬트 사건을 쫓고 해결하는 마야와 후미아키의 이야기.

절친한 친구 사이인 아스미, 에리, 이오리는 고3이 코앞인데도 인터넷 게임 ‘더 월드’에 흠뻑 빠져서 시간 가는 줄도 모르게 즐거운 나날을 보낸다. 그러던 어느 날 더 월드에 접속 한 세 사람은 비밀 통로를 따라가다가 어떤 길드의 구성원들이 난공불락의 드래곤을 공격하는 것을 목격한다. 그런데 아스미의 실수로 그 길드의 작전을 망치고, 화가난 길드원은 세 사람에게 현상수배를 내린다. 당분간 게임을 자제하려는 친구들과 달리 아스미는 또다시 더 월드에 접속하고, 그녀로 인해 친구들은 큰 위험에 빠지는데…

쇼와 58년(1983년), 16세 소년 쿠즈미 히로시는 도심으로부터 떨어진 산간에 있는 뉴타운 죠가 마을(嫦娥町)에 살게 되었다.  하천을 지표로 구시가지(旧市街)와 신시가지(新市街)로 나뉘는 이 마을은 지금도 아직 수수께끼에 둘러싸인 문화나 풍습이 많이 남아있다.  딱히 눈에 띄지 않는 존재였던 히로시를 반 친구들은 이상할 정도로 신경을 써준다. 그런 환경에 당황하면서도 새로운 생활을 즐기는 히로시였지만 단 한 명, 반장인 쿠시나다 네무루만이 확실히 거리를 두고 있는 것이 신경쓰였다. 그다지 접촉이 많지 않은 그녀는 히로시에게 충고를 한다.  

아키츠 마사노스케는 무사이지만 부끄러움이 많은 성격 때문에 무사 일을 하는데 어려움을 겪는다. 고향에서도 잘리고 일자리를 찾기 위해 애도로 올라와 낭인 생활을 하던 중 우연히 만난 야이치로에게 호위 일을 제안 받는다. 그런데 그 호위 일은 사실 고요라는 납치 전문조직을 경호하는 것이었다!  마사노스케는 이 사실을 알고 일을 그만두려고 하지만 금전적 어려움과 여러 사정들 때문에 일을 시작하게 되는데...

'나'는고등학교 졸업후 장밋빛 캠퍼스 라이프를 꿈꾸며 대학교에 입학했지만 오즈 때문에 동아리를 잘못 골라 지난 2년간을 무의미하게 보냈다고 생각한다. 그리고 '나'는 어느덧 대학교 3학년이 된다.  그리고 '나'는 자신의 이상형인 후배, 아카시에게도 호감을 갖고 있었지만 아쉽게 기회를 놓쳤다고 한탄한다. 그리고 '나'는 만약 입학식 때 다른 동아리를 골랐다면 오즈와 엮일 일도 없고 자신이 꿈꾸던 대학생활을 할 수 있었을 것이라고 생각한다.'나'가 이 말을 한 후, 시간이 되돌려지면서 신입생이 되어 동아리를 고르는 장면으로 역전되는데......

주인공 미하시 렌은 중학교, 미호시 학원에서 무시와 이사장 손자라 편애를 받는다는 편견을 받으면서 주눅이 들었고 다시는 야구부에 들어가지 않겠다고 다짐하지만 얼떨결에 니시우라 야구부에 가입하게 된다. 그 곳에서 새로운 동료들을 만나 조금씩 변화하기 시작하고, 니시우라 고교는 여름 대회에 출전하는데…. 

미래에서 온 수수께끼의 남자 패러독스. 가면 속에 숨은 그는 유세이의 에이스 몬스터 스타더스트 드래곤을 빼앗고 세계를 위협한다. 위기에 빠진 네오 도미노 시티를 구하기 위해 붉은 용의 힘으로 시공을 초월해 쥬다이를 만난 유세이는 패러독스의 음모를 알게 되고 전설의 듀얼리스트 '유우기' 의 시대로까지 그를 쫓아간다.그리고 유세이와 쥬다이는 세계를 구하기 위해, 유세이의 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 유우기와 힘을 합쳐 패러독스와의 마지막 결투를 펼치는데...