모두가 좋아하는 인기 절정의 아나운서 구니에다 케이. 낮에는 누구보다 완벽한 아나운서로 밤에는 말과 행동에 자유로운 백수로 이중생활 중이다. 애니메이션 작가 츠즈키 우시오를 취재하던 구니에다는 어느 밤, 우연히 동네에서 무방비한 차림으로 그와 마주친다. 하지만 평소와는 너무도 다른 모습에 구니에다를 알아채지 못하는 우시오. 구니에다 때문에 우시오는 팔을 다쳐 일을 못하게 되고 그런 우시오에게 자신을 오와리라고 소개한 구니에다는 어쩔 수 없이 오와리의 모습으로 그의 일을 돕기 시작한다.
그것은 황도 5구의 한쪽 구석에 있는 외딴 찻집. 거기서 일하는 것은 기술의 정수를 결집한 자율식기계인형(오토마타) 소녀들. 겨우 수년 전 종결된 대전쟁. 그때 병기로 제작된 소녀들. 마침내 맞이한 전후의 평화. 신품 동료에게 수복되어, 반짝반짝한 기모노로 몸을 두르고, 그리고 자신들이 태어난 의미를 찾아간다. 당신들도 소녀들과 멋진 한때를 보내 보시겠습니까?
대학생 타이치와 다른 선택받은 아이들은 모두 각자의 자리에서 저마다의 삶을 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 전 세계의 '선택받은 아이들'에게 의문의 사건이 일어나기 시작한다. 에오스몬이라 불리는 디지몬에 그 원인이 있음을 알게 된 타이치 일동은 에오스몬을 제압하려 하지만 이내 아구몬을 비롯한 디지몬들의 진화에 문제가 발생하는데… 세상의 이변에서 다시 한 번 친구들을 구할 수 있을까?......