어느 마을에 살고 있는 평범한 초등학생인 난다바 나오타(6학년)는 어머니가 안 계신채 아버지와 할아버지만 있는 가정의 남자아이이다. 평범한 학교 친구들, 그리고 미국으로 유학간 형의 애인인 마미미의 묘한 육탄공세 속에서 평범하게 살고 있었다. 그러던 어느날 갑작스레 스쿠터를 타고 다니는 여자에게 치여버린 후로 머리에서 로봇이 나온다거나 뿔이 솟아난다거나 하늘에서 위성폭탄이 떨어지거나 하는 정신없는 사건들이 벌어지게 되는데...
사토시와 그의 친구들은 라루스로 여행을 가서 4년 전에 일어난 사건 때문에 포켓몬을 무서워하는 Tooi라는 소년을 만난다. 한편 우주에서 온 포켓몬인 덕시스가 다시 나타나 도시 주변에 장벽을 두르고 사람들을 납치하고 있다. 대기권에 사는 포켓몬 레이콰자가 싸우러 온다.
