먼 미래 우주세기 ‘정력’. 우주세기에서 일어나는 전쟁은 밝혀지지 않는 역사의 일부분으로 잠겨있었다. 달의 여왕 디아나 소렐은 지구로 귀환하기 원했고, 지구에 선발파견조사대로 소년, 소녀들을 보낸다. 로랑 세아크는 달의 민족 문 레이스와 지구인들의 평화를 바라고 있었다. 그는 선발파견조사대로 선택되어 지구로 향한다.
천 년 전, '불의 7일간'으로 불리는 전쟁이 끝난 후 지구는 황폐한 죽음의 행성으로 변했다. 점점 커지는 곰팡이의 숲 '부해(腐海)'가 유독가스를 내뿜어 사람이 살 수 있는 땅도 얼마 남지 않았다. 자연과 대화를 나눌 수 있는 특별한 소녀 나우시카는 그 중 깨끗한 바람계곡에서 살고 있지만 부해는 이 곳 마저 먹어 치울 듯 가깝게 다가 온다. 그러나 바람계곡의 비극은 인간들의 다툼에서 먼저 시작된다. 군사제국 토르메키아가 '불의 7일간'을 초래했던 병기 '거신병'을 부활시키려는 계획을 시작했기 때문이다. 바람계곡은 분쟁에 휘말리고 나우시카는 토르메키아와 맞서는 도시 국가 페지테의 인질이 된다. 그 와중에 나우시카는 부해가 지구를 정화하고 있었다는 사실을 깨닫고 사람들에게 진실을 알리려 하지만...
메이게츠 중학교에 다니는 여중생 사쿠라 마미는 어느 날 자기가 초능력자라는 것을 알게 된다. 그리고 자신의 초능력을 자랑하려고 부모에게 말을 꺼내려는 순간 부모에게 아버지 사쿠라 쥬로의 조부모가 당한 마녀사냥에 대한 이야기를 듣는다. 사람은 자신과 다른 존재와 함께 하는 것을 본성적으로 싫어하기 때문에 초능력은 없는 것이 좋을 것이라는 말을 부모에게 듣고, 자신의 능력에 대해 고민하기 시작한다. 그러고 나서 마미는 스스로 결론을 내린다. 그 힘을 악용하지 말고 좋은 방향으로 쓰면 문제없을 것이라고 생각하고, 그렇게 사용하기 시작하는데…….
