총인구 230만명, 토쿄도 서부의 거의 대부분을 점유하고 있는 거대한 도시.   인구의 80%가 학생이라는 점에서 '학원도시'라는 이름으로 불리는 그 곳에서는 초능력의 개발이 이뤄지고 있었다.   특수한 수업을 받아 능력을 얻은 학생들은 정기적인 신체검사(시스템 스캔)에 의해 레벨0(무능력)에서 레벨5(초능력)까지 6단계로 평가를 받게 되며, 그 정점에 위치해 있는 것이 최강이라 불리는 7명의 레벨5(초능력자)들이었다. 

팔찌를 단서로 떠돌아다니는 나이! 절도나 소매치기로 하루 벌어 하루 먹는 식으로 자유로이 살아가는 가레키.  기묘한 저택에서 마주친 두 사람은 함정에 빠져 범죄자로서 치안부에 쫓기는 신세가 된다. 궁지에 처한 나이 일행 앞에 나타난 것은 국가 방위 최고기관인 '서커스'인데―!

300년 후의 미래. 유전자 변이를 일으킨 식물들이 생각을 할 수 있게 되고, 숲은 사람들을 습격하게 된다. 숲과 인간이 공생하고자 마련한 중립도시에 살고 있는 아기토는 접근금지 구역인 샘의 바닥에서 300년 전부터 잠들어 있는 소녀를 만나게 된다. 이 소녀는 인간 문명 사회를 구할 열쇠를 쥐고 있는데...

소혹성 충돌로 인류의 문명이 멸망하고 지구의 대부분이 맹독에 의해 침식되어 살아남은 인류는 오염을 피해서 척박한 해륙으로 도주하여 각자의 지역 세력을 구축하며 살아간다.   맹독이 낳은 정체모를 괴물 시노비의 습격이 끊이지 않으면서, 각 지역은 각자의 세력을 구축하면서 시노비와의 싸움을 계속해 간다. 시노비에 의해 멸망한 나라 이세의 공주무녀로서 궁극의 병기(메카닉) 기신장(기가로드) 를 찾아 떠나는 여정. 여행중 시노비에 대항할 생체병기 야규유의 생존자 소년 스오우를 만나면서 이들은 기신장(기가로드)를 찾으러 길을 나서는데...

'나노 해저드'라 불린 사태에 의해 폐허가 된 서기 2400년의 지구. 대다수의 인류는 전뇌세계 '디바'에서 유사 인격으로서 살아간다.  디바[5]에서 수사관으로 일하는 안젤라 발자크는 이 곳의 거주자이다. 어느날 지구에서 사이버 공간에 대한 해킹이 시도되었고 이에 안젤라는 몸을 복제로 재생한 뒤에 이 사건을 조사하기 위해서 황폐화 된 지상에 발을 딛는데...

하늘과 땅이 맞닿은 두 개의 세계… 봉인되었던 비밀의 문이 열린다! 멀지 않은 미래. 끝없이 이어진 터널로 가득한 지하세계에 살고 있는 ‘파테마’는 족장의 딸이자 호기심 많은 14살 소녀이다. 보지 못했던 세계를 경험하고 싶은 ‘파테마’는 어느 날 접근금지 지역을 탐사하던 중 공중에 떠다니는 작은 물체들과 이상한 빛으로 가득 차 있는 공간을 발견한다. 그 곳을 살피던 ‘파테마’는 천정에 서 있는 누군가에 놀라 터널 아래로 떨어지면서 중력이 반대로 되어 있는 또 다른 지상세계로 나오게 된다. ‘파테마’는 지상세계에 살고 있던 소년 ‘에이지’와 마주치게 되고, 묘한 공감을 느끼면서 곧 친해진다. 한편, ‘에이지’가 살고 있는 지상세계를 독재하고 있는 ‘이자무라’의 일당은 지하세계에서 온 ‘파테마’를 쫓고, ‘파테마’와 ‘에이지’는 그를 피해 달아나던 중 두 개의 세계에 얽힌 놀라운 비밀과 맞닥뜨리게 되는데...