가마쿠라 시대의 일본. '미나모토노 요시츠네'는 형인 '미나모토노 요리토모로'부터 도망쳐 산 속의 외딴 집으로 숨어들어간다. 이 집의 주인은 '쿠로미츠'라는 한 아름다운 여인. 언제부터인지 '요시츠네'와 '쿠로미츠'는 남녀의 관계를 맺는다. 그러나 쿠로미츠에겐 무서운 비밀이 숨겨져있었으니, 그것은 바로 그녀가 불로불사의 흡혈귀였다는 것!...
성스러운 문 「디바인 게이트」는 열렸다. 서력(西曆)은 성력(聖曆)으로, 하나의 문은 시대를 바꿨다. 혼란이 찾아온 이 세계에 인간, 요정, 악마, 짐승, 기계, 드래곤, 다수의 종족에 의한 다수의 생각이 교차한다. 모두가 성스러운 문에 숨겨진 진실을 쫓아서. 자, 열려진 문의 저편으로.
아란다스 연합왕국과 잉겔미아 다국 제국연합체 사이에 건설되어 있는 그레이트 월. 과거의 전쟁 때문에 생긴 기상이변으로 인해 날아다닐 수 없게 된 세계에서 그레이트 월은 오랜 시간동안 계속되온 두 국가의 싸움을 막아주고 있었다. 하지만 그레이트 월이 무너지기 시작하고 전쟁은 다시 커지는데...
가우나라는 미지의 생물체에 의해 지구가 멸망하였다. 몇명의 인류만 생존하여 우주선 시도니아를 타고 가우나를 피해 새로운 행성으로 도망치고 있었다. 그리고 시도니아의 인간형 병기 모리토를 조종하는 파일럿들은 가우나와 인류의 미래를 걸고 사투를 벌인다. 타니카제 나가테는 시도니아의 깊은 지하에서 할아버지와 살고 있었다. 할아버지는 사망했고, 먹을 음식마저 떨어져서 지상으로 나오게 된다. 우여곡절 끝에 그는 함장의 지시로 모리토의 파일럿이 된다. 그리고 자원 채굴을 위해 처음으로 출격한 타니카제의 앞에 100년 만에 가우나가 다시 나타나는데......
현대와 전국시대를 오가던 가영과 이누야샤는 카라로부터 숙적 나락의 급소인 심장이 어디에 있는지를 알게 된다. 하쿠도시와 아기는 심장이 없는 나락은 껍데기일 뿐이라 생각하고 스스로 나락의 대신이 되기 위해 사혼의 구슬 조각을 모으면서 모료마루의 힘을 키운다. 이에 말려드는 셋쇼마루와 사혼의 구슬 조각을 가진 코하쿠, 코우가. 한편 금강은 사혼의 구슬을 완성시켜 나락을 소멸시키려 하고, 나락은 사악한 인간의 마음을 손에 넣고 금강을 기다리고 있다.
