나미의 배신! 하지만 그녀의 배신에는 이유가 있다! 갑자기 고잉 메리호를 훔쳐서 달아난 나미. 루피, 조로, 우솝, 상디는 나미를 찾아서 아론 파크로 떠난다. 아론 파크는 아론이 지배하는 섬으로 마을 사람들은 8년째 고통 받고 있다. 나미는 마을을 구하기 위해 '1억 베리'를 모아 마을을 사겠다는 계약을 맺고 아론의 측량사로 일하고 있었다. 이제 조금만 더 모으면 마을도 자신도 자유로워질 수 있을 거란 희망으로 버티고 있는 나미. 하지만 그 희망은 절망으로 변하는데...
모든 해적의 말살이 정의라고 믿는 전 해군 대장 제트 그는 부하인 아인, 빈즈와 함께 ‘NEO 해군’을 이끌며 막강한 고대 무기에 필적한다고 알려진, 거대한 에너지를 담고있는 광물 ‘다이나 스톤’을 강탈한다. 그리고 신세계의 바다 전체를 불태워 없애려는 계획을 실행에 옮기는 제트! 한편 신세계의 바다를 순항 중이던 루피와 밀짚모자 해적단은 ‘노란 원숭이’ 볼사리노와 혈투 끝에 정신을 잃고 표류하던 제트를 발견하고 구해준다. 하지만 의식이 돌아온 제트는 루피 일행이 해적이라는 걸 안 순간 다짜고짜 루피 일행에게 어마어마한 공격을 퍼붓기 시작하는데... 절체절명의 위기에 놓인 루피와 밀짚모자 해적단 그리고 신세계!
포켓몬 VS 복제 포켓몬 사상 초유의 대결이 펼쳐진다! 최고의 포켓몬 트레이너만을 초대하는 의문의 카드를 받게 된 지우와 친구들은 거센 폭풍우를 뚫고 포켓몬성으로 향한다. 하지만 그곳에서 그들을 기다리는 건, 인간에 대한 역습을 선언한 강력한 전설의 포켓몬 뮤츠. 뮤츠는 복제 포켓몬을 만들어 포켓몬 트레이너들에게 공격을 시작하고, 때마침 나타난 환상의 포켓몬 뮤와 함께 지우와 친구들은 운명을 건 피할 수 없는 대결을 시작하는데…