제 4차 닌자대전이 일어날 위기에 놓인 닌자세계의 모습 그리고 우정과 의리로 똘똘 뭉쳐 위기를 극복해 나가는 나루토의 고군분투와 동료들의 훈훈한 이야기를 그리고 있다.

수십 년 전 어느 날, 모든 비극이 시작되었다!  곤과 키르아, 크라피카, 레오리오는 배틀 올림픽을 보러 천공 격투장으로 향한다. 그런데 갑자기 괴한들이 침입해 천공 격투장을 점거한다. 그 괴한들의 정체는 수십 년 전 사라진 줄 알았던 '그림자'의 후예들. 그들이 원하는 건 모든 헌터의 죽음과 헌터 협회의 멸망이다. 그림자의 수장은 수십 년 전 네테로에게 죽임을 당했던 온(怨) 능력자 제드. 네테로 회장마저 인질로 잡힌 위급한 상황에서 곤과 키르아, 크라피카만이 그림자와 맞서 싸우게 되는데…

이 이야기는 크리스마스 전등으로 밝혀지는 뉴욕을 배경으로 하고 있다. 도쿄 경찰 아카리 키도 경관은 마녀 같은 캐릭터가 '크리스마스 파티' 장난을 당기는 국제 교류 연수 프로그램을 진행하면서 교통을 지휘하고 있다. 달아난 트레일러 트럭이 아카리를 덮치기 직전 갑자기 의문의 소녀가 나타나 

거대한 지하 도시로부터 시작된 전설 그 신비한 비밀을 밝히기 위한 모험의 시작!  어느 날, 소녀 ‘아스나’는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 그 음악을 다시 듣기 위해 자신만의 비밀 장소로 향하던 길에 ‘아스나’는 괴물의 습격을 받게 되고 ‘슌’이라는 소년이 나타나 그녀를 구해준다. 아가르타라는 먼 곳에서 왔다는 ‘슌’에게 두근거리는 감정을 갖게 된 ‘아스나’는 그를 다시 만나기 위해 약속 장소로 가지만 ‘슌’은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 ‘아스나’는 신임 교사 ‘모리사키’로부터 지하 세계의 신화에 대해 듣게 되고 그것이 ‘슌’과 관련이 있음을 직감한다. ‘슌’과 똑 닮은 소년 ‘신’과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격 전에 휘말리게 된 ‘아스나’는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되고 신임교사 ‘모리사키’가 아크엔젤의 요원임을 알고 놀라게 된다. ‘신’은 ‘아스나’를 뒤로 한 채 지하 세계로 자취를 감추고 ‘아스나’는 ‘모리사키’에게 아가르타로의 모험에 동참하겠다고 말하는데…  과연 그들은 무사히 아가르타에 도착할 수 있을 것인가? 그리고, 그들이 간절히 바라는 소원은 과연 무엇일까!

숙명의 대결! 신들을 초월한 대결이 시작된다!  파괴의 신 비루스와의 대결이 끝나고, 평화를 찾은 지구에 프리저군의 생존자들이 프리저를 부활시키기 위해 몰래 잠입, 드래곤볼 7개를 모두 모으는데 성공한다. 이를 이용해 부활한 프리저는 손오공을 비롯한 사이어인에 대한 복수를 위해 수 많은 병사를 이끌고 지구를 침략, 손오반과 피콜로, 크리링 등은 이에 맞서 싸우지만 더욱 강해진 프리저의 파워 앞에 속수무책으로 당하고 만다. 한편, 비루스의 별에서 수련 중이던 손오공과 베지터는 뒤늦게 프리저의 부활 소식을 듣게 되는데…