갑자기 짱구 앞에 나타난 정체불명의 소녀 ‘레몬’! 그녀가 전한 액션가면으로부터의 비밀 메시지를 받은 짱구는 ‘액션 스파이’로 임명된다. 레몬과의 특별훈련으로 완벽한 액션 스파이로 변신한 짱구! 짱구에게 주어진 임무의 비밀은 무엇이며, 짱구를 선택한 레몬의 진짜 이유는? 최강 비밀 병기! “메가나와뿡2″를 둘러싼 거대한 음모가 시작된다!
거대한 지하 도시로부터 시작된 전설 그 신비한 비밀을 밝히기 위한 모험의 시작! 어느 날, 소녀 ‘아스나’는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 그 음악을 다시 듣기 위해 자신만의 비밀 장소로 향하던 길에 ‘아스나’는 괴물의 습격을 받게 되고 ‘슌’이라는 소년이 나타나 그녀를 구해준다. 아가르타라는 먼 곳에서 왔다는 ‘슌’에게 두근거리는 감정을 갖게 된 ‘아스나’는 그를 다시 만나기 위해 약속 장소로 가지만 ‘슌’은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 ‘아스나’는 신임 교사 ‘모리사키’로부터 지하 세계의 신화에 대해 듣게 되고 그것이 ‘슌’과 관련이 있음을 직감한다. ‘슌’과 똑 닮은 소년 ‘신’과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격 전에 휘말리게 된 ‘아스나’는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되고 신임교사 ‘모리사키’가 아크엔젤의 요원임을 알고 놀라게 된다. ‘신’은 ‘아스나’를 뒤로 한 채 지하 세계로 자취를 감추고 ‘아스나’는 ‘모리사키’에게 아가르타로의 모험에 동참하겠다고 말하는데… 과연 그들은 무사히 아가르타에 도착할 수 있을 것인가? 그리고, 그들이 간절히 바라는 소원은 과연 무엇일까!
메카토피아의 로봇들이 지구를 지배하겠다는 내용으로 이야기가 시작된다. 그리고 진구 일행이 사는 마을. 진구는 공터에서 비실이의 사촌형이 만든 무선 조종 로봇인 미크로스를 보고 너무 부러워서 무심코 비실이보다 더 큰 로봇을 가져오겠다고 큰 소리를 친다. 그리고 도라에몽에게 당장 달려가서 냅다 달라고 하지만 안 그래도 더위 때문에 짜증이 나 있던 도라에몽은
