거대한 지하 도시로부터 시작된 전설 그 신비한 비밀을 밝히기 위한 모험의 시작!  어느 날, 소녀 ‘아스나’는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 그 음악을 다시 듣기 위해 자신만의 비밀 장소로 향하던 길에 ‘아스나’는 괴물의 습격을 받게 되고 ‘슌’이라는 소년이 나타나 그녀를 구해준다. 아가르타라는 먼 곳에서 왔다는 ‘슌’에게 두근거리는 감정을 갖게 된 ‘아스나’는 그를 다시 만나기 위해 약속 장소로 가지만 ‘슌’은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 ‘아스나’는 신임 교사 ‘모리사키’로부터 지하 세계의 신화에 대해 듣게 되고 그것이 ‘슌’과 관련이 있음을 직감한다. ‘슌’과 똑 닮은 소년 ‘신’과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격 전에 휘말리게 된 ‘아스나’는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되고 신임교사 ‘모리사키’가 아크엔젤의 요원임을 알고 놀라게 된다. ‘신’은 ‘아스나’를 뒤로 한 채 지하 세계로 자취를 감추고 ‘아스나’는 ‘모리사키’에게 아가르타로의 모험에 동참하겠다고 말하는데…  과연 그들은 무사히 아가르타에 도착할 수 있을 것인가? 그리고, 그들이 간절히 바라는 소원은 과연 무엇일까!

모든 곳이 완벽하게 통제되는 도시, NO.6 한 줌의 절망도 없는 곳에 존재하는 희망의 의미는? 2017년 근미래를 배경으로 모든 것이 완벽하게 통제되는 도시 NO.6를 둘러싼 16세 소년 시온과 생쥐의 모험을 그린 SF.  이야기의 배경으로 등장하는 도시 NO.6는 배고픔과 탄식, 전쟁도 없고 죽는 그 순간까지도 고통을 느껴볼 수 없는 신세계다. 과학 기술로 모든 게 통제되며 절대 권력 기구가 시민을 지배하는 미래 도시. NO.6에서도 엘리트만 모여 있는 '크로노스' 지구에 사는 소년이 주인공 시온이다. 그러나 12세 생일을 맞은 밤, 시온의 방에 침입한 소년 네즈미를 만나고 시온의 일상이 크게 흔들린다. 수배자인 네즈미를 도와줬다는 이유로 시온은 보장된 미래를 박탈당하고 로스트 타운으로 쫓겨난다. 시온은 'NO.6'를 증오하는 네즈미와 함께 지내면서 점점 NO.6의 감춰진 진실에 다가서게 되는데... 

여고생 쿠로누마 사와코는 평범하고 순수한 마음과는 달리 치마까지 닿을 정도로 긴 생머리를 비롯한 음산한 겉모습 때문에 학교 아이들 사이에선 3초 이상 눈이 마주치면 일주일 안에 불행한 일이 생긴다거나 귀신을 볼 수 있다거나 하는 이상한 소문이 퍼졌고 심지어 이름조차도 공포영화에 나오는 여자귀신 이름 사다코로 잘못 알려지면서 기피대상으로 낙인찍혀 버린다. 그러던 어느 날, 이런 자신을 전혀 무서워하는 기색 없이 평범한 여자애로 대해주는 남학생을 보게 된다.