우리는 세계를 구할 강력한 영웅을 원한다. 한때 세계를 수 많은 위기에서 구한 9명의 전사, 009 사이보그는 세계전쟁이 종결 후 평화를 대가로 활동을 중단 각기 고국으로 귀환했다. 그 중 리더인 009 ‘죠’는 과거의 기억을 봉인 된 채 살아가야만 했다. 그러나 전세계에 초고층타워 연쇄 폭파 테러 사건이 일어나 보이지 않는 충격과 공포에 휩싸이고 세계전쟁 도래의 위기가 닥쳐온다. 더 이상 환영 받지 못하는 009 사이보그 멤버들은 과연 무사히 조우할 수 있을까?
일 년 전, 교통사고로 아버지를 잃은 초등학교 6 학년 ‘유타’는 이번 여름방학도 아버지와 함께 갔던 시골에 찾아간다. 하지만 댐이 건설되어 마을은 물에 잠겨 사라진 지 오래. 딱정벌레를 잡으려고 산 속을 헤매던 중, 유타는 이상한 할아버지를 만나게 된다. 할아버지가 사라진 뒤, 갑자기 폭우가 내리고 유타는 그만 급류에 휩쓸려 정신을 잃고 만다. 그리고 깨어났을 때 눈 앞에 ‘사에코’라는 여자아이와 마주하게 된다. 사에코를 집에 데려다 주려고 산 밑을 내려다 보는 순간, 없어졌던 마을이 눈 앞에 펼쳐진다. 30년 전으로 시간여행을 하게 된 것. 혼자 계신 어머니가 걱정되지만 이곳에서 여름방학을 보내야 하는 어쩔 수 없는 마법에 걸려 버린다. 사에코는 유타를 사촌오빠로 여기고 마을 친구 켄조와 함께 여름방학 한달 동안 과거의 시골 마을에서 생활을 한다....
십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데.
중국권법의 달인인 여고생 링 샤오유에게 미시마 카즈야가 이끄는 G사의 안나 윌리엄스로부터의 의뢰가 들어온다. 의뢰의 내용은 교토 국제 학교의 잠입 스파이 작전. 그리고 그곳에 다니고 있는 카미야 신이라는 남자를 조사하라는 것이었다. 하지만 신은 자살충동이 심한 청년으로, 샤오유의 추적을 교묘하게 피해나간다. 게다가 학원에서 만난 수수께끼의 소녀 알리사에게도 휘말려 조사는 난항을 겪게 된다. 그런 와중에 신이 누군가에게 유괴되는 사건이 벌어진다. 신을 구하기 위해 행동을 일으킨 샤오유지만 그앞에는 미시마 재벌의 거대한 그림자 - 카자마 진, 미시마 카즈야, 그리고 지금은 없는 미시마 헤이하치의 욕망이 얽힌, 피비린내 나는 음모가 숨겨져 있었다...!!
스토리는 어릴적 교회의 박해로 양친을 잃고 메이요르 후작 곁에서 자라난 소녀 릴리스 메이르 코르아가 권력의 상징으로 불리는 대검 칼브리누스를 손에 넣은 뒤 전승을 쫓아, 흡혈귀 헌터의 유일한 계승자 '로뮤알드' 미즈무라 신타의 아이를 낳고 아이와 신타를 죽이기 위해, 그를 유혹 하면서 발생하는 에피소드를 그리고 있다.
