고등학교 2학년 아라라기 코요미는 어느 날 밤, 전설의 흡혈귀이자 

어릴 적 친구인 우시오가 죽었다----.  그 소식을 듣고, 고향인 와카야마시 · 히토가시마에 돌아온 신페이.  가족과의 재회. 문제없이 진행된 장례식.  하지만, 섬에는 어떤 이변이…?

막부 말의 동란기 교토에, '칼잡이 발도재'라 불리는 지사가 있었다. 악귀처럼 사람을 베며 피로 물든 칼로 새로운 시대 메이지를 개척한 그 남자는, 동란의 종결과 함께 '최강'이라는 이름의 전설만 남기고 사람들 앞에서 모습을 감췄다. 그리고 시대는 흘러 메이지 11년―.

아마추어 드라이버들의 삶과 열정이니셜 D젊었을 때 스피드광이었으나 현재 두부가게 사장인 타쿠미의 아버지는 직접 튜닝한 ‘도요타 토레노’라는 자동차로 아들 타쿠미에게 새벽마다 아키나 산을 넘어야 하는 두부 배달을 시킨다. 아버지 때문에 중학교 1학년 때부터 곡예 운전을 반복한 타쿠미는 레이싱의 달인이 되어간다.자동차 메커니즘에 대한 세부 묘사, 속도감 넘치는 레이스 장면, 남자들 간의 우정에 풋풋한 로맨스 등 재미의 요소가 빠짐없이 담긴 스피드 드라마!

어느 날, 교도소가 폭파되는 사고가 발생하자 ‘에드’와 ‘알’ 형제는 그 곳으로 향하게 되고 거기서 ‘멜빈’이라는 탈옥수와 대치하게 된다. ‘멜빈’이 사용한 미지의 연금술로 인해 ‘에드’와 ‘알’은 그를 놓치게 되고, 신비로운 연금술의 비밀을 풀기 위해 이를 조사하던 중 ‘멜빈’에 대한 단서를 얻게 된다. 그러던 중 ‘멜빈’이 얼마 전 ‘아메스트리’라는 나라에 밀입국하려다 체포된 크레타인 ‘줄리아’와 관련이 있다는 사실을 알게 되자 그녀를 찾기 위해 ‘크레타’라는 나라와 국경을 접하고 있는 ‘테이블 시티’로 떠나게 되는데... 

여고생 쿠로누마 사와코는 평범하고 순수한 마음과는 달리 치마까지 닿을 정도로 긴 생머리를 비롯한 음산한 겉모습 때문에 학교 아이들 사이에선 3초 이상 눈이 마주치면 일주일 안에 불행한 일이 생긴다거나 귀신을 볼 수 있다거나 하는 이상한 소문이 퍼졌고 심지어 이름조차도 공포영화에 나오는 여자귀신 이름 사다코로 잘못 알려지면서 기피대상으로 낙인찍혀 버린다. 그러던 어느 날, 이런 자신을 전혀 무서워하는 기색 없이 평범한 여자애로 대해주는 남학생을 보게 된다.

그 정체는 수수께끼에 싸여, 각자 복잡하게 서로 얽혀있는 위험한 일가 아카이 패밀리. 라이하 고개에서 사망했다고 여겨졌던 아카이 슈이치를 중심으로 풀어지는 세라 마스미, 하네다 슈키치, 메리의 관계성. 라이하 고개에서 화려한 부활을 한 아카이 슈이치. 아카이 슈이치와 오키야 스바루의 관계를 추궁하는 아무로 토오루. 그리고 일련의 '부재 증명극' 진상의 배후에는, 코난의 모습이—.