거인이 모든 것을 지배하는 세계 사람들의 평온한 일상은 무너졌다. [한 마리도 남김없이 쓸어버리겠어.] 그 각오와는 정반대로 갑자기 거인으로 변해버린 주인공 엘런. 자신이 누구인지 갈등하던 와중에 엘런은 그 능력을 써서 인류를 구하게 된다. 어떤 이는 그를 [구세주]라 칭송하고, 어떤 이는 그를 [악마]라 두려워한다. 다음으로 그들 앞에 나타난 것은, 다른 거인들과는 명백히 다르게 지성을 가진 여성형 거인. 그녀는 대체 무엇인가...
물을 접하고 특별한 애착을 가지게 되는 나나세 하루카는 중학교에 진학하여 새로운 경험을 하게 된다. 수영부에 입부하여 마코토와 시이나 아사히, 키리시마 이쿠야와 넷이서 혼계영 팀을 짜서 시합에 도전한다. 목표와 사고방식이 모두 다른 네사람은 저마다의 고민을 안고 있고 혼계영 연습도 순탄하지 않은데..... 어려움을 헤치고 진정한 한 팀이 될 수 있을까?
초인은 무구한 자를 구원한다. 그렇다면 초인을 구원하는 자는 누구인가. 그들의 이름은 『초인과』 세계가 어른이 될 때, 초인은 사라진다.
