총인구 230만명, 토쿄도 서부의 거의 대부분을 점유하고 있는 거대한 도시. 인구의 80%가 학생이라는 점에서 '학원도시'라는 이름으로 불리는 그 곳에서는 초능력의 개발이 이뤄지고 있었다. 특수한 수업을 받아 능력을 얻은 학생들은 정기적인 신체검사(시스템 스캔)에 의해 레벨0(무능력)에서 레벨5(초능력)까지 6단계로 평가를 받게 되며, 그 정점에 위치해 있는 것이 최강이라 불리는 7명의 레벨5(초능력자)들이었다.
평범한 고등학생 쿠로노 케이는 어느 날 지하철에 주정뱅이가 떨어지는 것을 보고 사람이 실제로 죽는 걸 볼 수 있겠다며 기대에 차있다. 하지만 역에서 우연히 만난 초등학교 친구였던 카토 마사루가 같이 도와주자는 바람에 선로로 내려갔다가 지하철에 부딪혀 목숨을 잃는다. 그리고 목숨을 잃음과 동시에 정체불명의 검은 구체가 있는 방으로 전송되어, 구체에서 나온 무기와 슈트를 가지고 정체불명의 성인들과 사투를 벌이게 된다.
오백 년에 걸친 교회와 마녀의 대립과 수년 전에 성립된 평화. 하지만 그 그림자에서 대립의 잔재는 여전히 세계 각지에 짙게 남아 있었다――. 웨니어스 왕국 왕립마법학교에 다니는 낙오생 세빌은 입학 이전의 기억을 잃고 있었다. 그런 그는 알버스 교장의 명으로 반마녀파의 세력이 강한 왕국 남부로 특별 실습을 떠나게 되는데...
어느 한 세계에, 마법 전투에 통달하여 【현자】라고까지 칭송받은 자가 있었다. 최강의 전술을 갈구하며 세계에 존재하는 온갖 마법, 전술을 모조리 연구한 그는 ‘나에게 새겨진 문장은 마법 전투에 적합하지 않다’라는 현실에 직면한다. 그 길로 그는 자신의 영혼을 봉인하여 미래로 환생. ‘마법 전투에 가장 적합한 문장’을 지닌, 소년 마티아스로 다시 태어나는 것에 성공하는데……. “──좋았어. 성공이다!!” 겨우 손에 넣은 『마법 전투에 가장 적합한 문장』. 하지만 미래에서 그 문장은 ‘실격문장’으로 취급받고 있었다!! ‘마법 전투에 가장 적합한 문장’을 ‘실격문장’ 취급하는 저레벨의 마법 이론이 설치는 세계. ‘실격문장’을 지닌 마티아스는 그 세계에서 ‘영광문장’을 지닌 소녀 루리이, ‘상마문장’의 소유자 알마와 만나고, 입학한 왕립 제2학원에서 일찍이 【현자】로 불렸던 실력을 속속 발휘해 나간다──!!
