우리는 세계를 구할 강력한 영웅을 원한다. 한때 세계를 수 많은 위기에서 구한 9명의 전사, 009 사이보그는 세계전쟁이 종결 후 평화를 대가로 활동을 중단 각기 고국으로 귀환했다. 그 중 리더인 009 ‘죠’는 과거의 기억을 봉인 된 채 살아가야만 했다. 그러나 전세계에 초고층타워 연쇄 폭파 테러 사건이 일어나 보이지 않는 충격과 공포에 휩싸이고 세계전쟁 도래의 위기가 닥쳐온다. 더 이상 환영 받지 못하는 009 사이보그 멤버들은 과연 무사히 조우할 수 있을까?
외딴 산골에서 할아버지에게 사냥을 배워 솜씨 좋은 사냥꾼으로 성장하고 있는 소녀 하마지. 무사가 되겠다면서 일찌감치 산골을 떠나 수도인 에도에서 살고 있는 오빠 도세츠. 할아버지마저 돌아가신 뒤 혼자가 된 여동생의 소식을 전해 듣고, 자기가 보살펴줄 테니 에도로 오라고 편지를 보낸다. 도세츠의 집을 찾아 에도를 헤매던 중, 하마지는 죽은 개의 목이 즐비하게 놓여져 있는 광경에 충격을 받는다. 에도의 군주가 현상금을 걸어 인간(人)과 개(犬)의 혈통을 이어받은 '후세(伏)'를 사냥하게 한 뒤, 전리품으로 전시해 놓은 것이었다. 우연히 거리에서 만난 백발소년 시노의 도움으로 오빠를 무사히 만나게 된 하마지는 사냥꾼의 본능으로 후세를 쫓는다. 그리고 마침내 시노가 마지막 남은 후세라는 사실을 알게 되는데...
목소리와 진리 사이에 있는 '로고스 월드'의 폭주에 대항하기 위해 탄생한 '아쿠에리온'의 이야기
쇼와 58년(1983년), 16세 소년 쿠즈미 히로시는 도심으로부터 떨어진 산간에 있는 뉴타운 죠가 마을(嫦娥町)에 살게 되었다. 하천을 지표로 구시가지(旧市街)와 신시가지(新市街)로 나뉘는 이 마을은 지금도 아직 수수께끼에 둘러싸인 문화나 풍습이 많이 남아있다. 딱히 눈에 띄지 않는 존재였던 히로시를 반 친구들은 이상할 정도로 신경을 써준다. 그런 환경에 당황하면서도 새로운 생활을 즐기는 히로시였지만 단 한 명, 반장인 쿠시나다 네무루만이 확실히 거리를 두고 있는 것이 신경쓰였다. 그다지 접촉이 많지 않은 그녀는 히로시에게 충고를 한다.
미지의 존재인 '무'는 쥬피터 형태의 장벽으로 도쿄를 감싸 점령힌다. 도쿄에 남아있는 카미나 아야토는 어느 날 하루카라는 여인을 만나고, 자신이 세계를 변화시킬 사람이라는 말을 듣게 된다. 그녀의 도움으로 능력을 자각한 아야토는 절대 장벽 밖으로 나가려고 시도하는데...
