중학교 1학년 소년인 나구모 코시는 화재로 집을 잃어 아버지는 실종되었고, 길거리에서 쓰러져 있는 것을 여대생 미네루에게 구조됐다. 사연을 듣자 그는 코시를 그대로 여대 여신기숙사의 사감으로 불러들였고, 코시는 기꺼이 이를 허락했다. 이리하여 코시와 버릇이 있는 누나들의 해프닝의 새로운 생활이 시작된다.
고등학생 마코토 미스미는 영웅이 되기 위해 츠쿠요미 신으로부터 환상의 세계로 불려간다. 그러나, 이 세상의 힘센 다른 사람들은 그가 그곳에 있는 것을 기뻐하지 않고, 츠쿠요미가 자신의 길을 찾기 위해 마코토를 떠나야 한다고 선언하는 것처럼 그를 세상의 가장자리로 차버린다. 이제 자신의 길을 찾는 것은 마코토에게 달렸어!
위험천만한 아카이 일가, 대집결! 그들이 모두 모일 때, 운명은 뒤바뀐다! 전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다. 시속 1,000km로 질주하는 진공 초전도 리니어, 범인과의 목숨을 건 마지막 결판이 펼쳐진다!
그 정체는 수수께끼에 싸여, 각자 복잡하게 서로 얽혀있는 위험한 일가 아카이 패밀리. 라이하 고개에서 사망했다고 여겨졌던 아카이 슈이치를 중심으로 풀어지는 세라 마스미, 하네다 슈키치, 메리의 관계성. 라이하 고개에서 화려한 부활을 한 아카이 슈이치. 아카이 슈이치와 오키야 스바루의 관계를 추궁하는 아무로 토오루. 그리고 일련의 '부재 증명극' 진상의 배후에는, 코난의 모습이—.
주인공 나오야는 고등학교 1학년. 쭉 좋아했던 사키에게 고백해, 여자친구가 되도록 성공. 행복의 절정에 있었다. 그러나, 그런 나오야에게 미소녀 나기사가 말을 건다. 그녀는 다짜고짜 나오야에게 좋아한다고 고백을 하는 것이었다. 너무나 좋은 사람에게 마음이 흔들리는 나오야는, 어떤 결정을 한다...!! 설마 한 선택으로부터 시작되는 네오 스탠다드 러브코미디!!...
