유명 드라마 '꽃보다 남자'의 원작 애니메이션  평범한 서민 가정의 고등학생인 마키노 츠쿠시는 우연한 일을 계기로 일본에서 이름만 들어도 아는 그야말로 초 부잣집 자제들만 다닌다는 명문 에토쿠 학원에 입학하게 된다. 그러나 동급생인 부잣집 학생들은 자신들의 비뚤어진 상류층 의식으로 인해 평범한 서민인 츠쿠시를 얕잡아보기 시작하고, 츠쿠시는 츠쿠시 나름대로 그런 시선에 굴하지 않는 학원 생활이 시작된다. 한편 이 학교에는 이런 수 많은 부잣집 자제들 중에서 부잣집 자제들이 있었으니 그 이름하여 F4. F4는 자신들의 막대한 재력과 강력한 카리스마와 잘생긴 외모로 다른 학생들 위에서 마음대로 군림하고 있었다. 그러던 도중 조용히 학교를 다니려던 츠쿠시와 F4의 리더 도묘지 츠카사가 서로 부딪치게 되는 사건이 일어나고, 그 날 이후 츠쿠시는 F4의 적으로서 학생들에게 상식 이하의 저열한 이지메를 당하게 된다. 하지만 츠쿠시는 이런 F4의 횡포에 굴하는 소녀가 아니였으니, 꿋꿋하게 일어서는  모습에 가해자인 츠카사 역시 눈길을 돌리게 되는데........

아름답고 고결한 교풍을 갖고 있는 명문 사립 오토타치바나 학원. 얌전하고도 소심한 16세 소녀, '쿠루스가와 히메코'는 이곳에서 그 누구보다도 평범한 학교 생활을 하고 있었다. 그녀에게 그나마 평범하지 않은 것은 '히메미야 치카네'라는 단짝 친구뿐. 이쁜 외모에 똑똑한 머리, 뛰어난 운동신경을 지닌 완벽한 치카네는 심지어 잘생긴 외모를 가진 '오오가미 소우마'와의 훈훈한 소문도 갖고 있었다.

어느 날, 팔리지 않는 만화가, 카리노 신의 옆에 사토 코타로라고 자칭하는 아이가 이사왔다. 코타로에게는 부모가 없고, 혼자 살고 있다고 한다. 그런 코타로를 어려워하는 카라노 신이였지만, 코타로가 혼자 사는 이유를 알면서 조금씩 거리를 좁혀가며 동반 성장한다.

불량학생인 오카자키 토모야는 어느날 학교 언덕길에서 후루카와 나기사라는 여학생과 만나게 된다. 토모야는 나기사와 여러가지 일을 겪게 되는데...

300년 후의 미래. 유전자 변이를 일으킨 식물들이 생각을 할 수 있게 되고, 숲은 사람들을 습격하게 된다. 숲과 인간이 공생하고자 마련한 중립도시에 살고 있는 아기토는 접근금지 구역인 샘의 바닥에서 300년 전부터 잠들어 있는 소녀를 만나게 된다. 이 소녀는 인간 문명 사회를 구할 열쇠를 쥐고 있는데...

일본선수권 5연패를 기록한 일본 유도계의 원로 이노쿠마 지고로는 손녀 이노쿠마 야와라의 재능을 어릴적부터 알아보고, 유도선수로 길러낸다. 기나긴 특훈을 통해 야와라는 뛰어난 유도 실력을 지니게 되지만, 고등학생 야와라는 체육대학보단 가정대학에 진학하여 평범한 여대생으로 살고싶어한다. 허나, 할아버지는 어떻게든 야와라를 올림픽에 내보내 금메달을 따게 만들어, 국민영예상을 받게 만들고 싶어한다. 그러던 중 야와라가 소매치기를 배대뒤치기로 제압하는 사건이 발생하고, 우연히 현장에 있었던 3류 스포츠기자 마츠다 코사쿠에 의해 신문에 보도되며, 사람들의 이목이 '미지의 유도소녀'에게 집중되는데...