외딴 산골에서 할아버지에게 사냥을 배워 솜씨 좋은 사냥꾼으로 성장하고 있는 소녀 하마지. 무사가 되겠다면서 일찌감치 산골을 떠나 수도인 에도에서 살고 있는 오빠 도세츠. 할아버지마저 돌아가신 뒤 혼자가 된 여동생의 소식을 전해 듣고, 자기가 보살펴줄 테니 에도로 오라고 편지를 보낸다. 도세츠의 집을 찾아 에도를 헤매던 중, 하마지는 죽은 개의 목이 즐비하게 놓여져 있는 광경에 충격을 받는다. 에도의 군주가 현상금을 걸어 인간(人)과 개(犬)의 혈통을 이어받은 '후세(伏)'를 사냥하게 한 뒤, 전리품으로 전시해 놓은 것이었다. 우연히 거리에서 만난 백발소년 시노의 도움으로 오빠를 무사히 만나게 된 하마지는 사냥꾼의 본능으로 후세를 쫓는다. 그리고 마침내 시노가 마지막 남은 후세라는 사실을 알게 되는데...

아키츠 마사노스케는 무사이지만 부끄러움이 많은 성격 때문에 무사 일을 하는데 어려움을 겪는다. 고향에서도 잘리고 일자리를 찾기 위해 애도로 올라와 낭인 생활을 하던 중 우연히 만난 야이치로에게 호위 일을 제안 받는다. 그런데 그 호위 일은 사실 고요라는 납치 전문조직을 경호하는 것이었다!  마사노스케는 이 사실을 알고 일을 그만두려고 하지만 금전적 어려움과 여러 사정들 때문에 일을 시작하게 되는데...

인공동면에서 깨어나 수수께끼의 생명체 BLUE와 싸우는 유우지의 이야기

시간적, 공간적 배경이 명확하지 어느 미래. 사이비 종교 집회가 벌어지고 있는 한 건물에 경찰들이 무력 침입을 감행하고, 유혈 사태가 벌어진다. 그 곳에서 제물이 될 위기에 빠진 날개 달린 소녀를, 두 명의 경찰 특공대가 구해 낸다. 두 사람은 신비함을 가지고 있는 소녀를 보호소로 안내한후 술집에서 술잔을 기울이는데 왠지 예감이 좋지 못하다. 그들은 소녀가 실험용으로 쓰이게 될거란 소식을 듣고 다시 그녀를 구출하기 위해 실험실에 침입 한다. 그리고 소녀를 데리고 푸른 초원을 달리면서 그녀를 날려 보낸다. 하얀 날개를 펄럭이며 소녀는 저 멀리로 날아간다.

지구 멸망의 위기에서 발동한 네크로시스 작전의 발안자였던 애드록 서스턴은 작전을 반대하여 구금되어 있다가 탈출, 인간형 코랄리언 유레카와 함께 인류를 구하기 위해 나선다. 작전의 오류를 스스로의 희생으로 막은 애드록 덕분에 인류는 멸망의 위기를 가까스로 넘기지만... 한편, 아버지를 잃은 랜턴은 국경도시 벨 포레스트에서 단조로운 나날을 보내고 있었다. 그러던 어느날, 랜턴 앞에 LFO라는 세계에서 가장 오래된 기체 니르밧슈가 내려오고 그 조종석에서 유레카라고 지칭하는 소녀가 모습을 드러낸다.

미지의 존재인 '무'는 쥬피터 형태의 장벽으로 도쿄를 감싸 점령힌다. 도쿄에 남아있는 카미나 아야토는 어느 날 하루카라는 여인을 만나고, 자신이 세계를 변화시킬 사람이라는 말을 듣게 된다. 그녀의 도움으로 능력을 자각한 아야토는 절대 장벽 밖으로 나가려고 시도하는데...

자유분방한 엄마의 야반도주로 외할머니가 운영하는 온천여관 ‘킷스이소’로 오게 된 16세 소녀 오하나. 자신의 의지와는 상관없는 온천여관에서의 새로운 생활이 오하나의 가슴을 설레게 만들었지만 처음과는 달리 “빛나고 싶어”라고 생각했던 다짐이 킷스이소에서의 생활에 익숙해 가면서 점차 희미해져 가는 것을 느끼게 된다. 게다가 킷스이소로 실습 온 라이벌 여관의 외동딸 ‘유이나’, 언제나 열심인 조리사 견습생 ‘민코’, 동생들과 집안일까지 챙기느라 분주한 종업원 ‘나코’ 등 자신에게 주어진 자리에서 최선을 다하는 사람들의 모습은 ‘오하나’의 마음을 더욱 울적하게 만든다. 그러던 어느 날 ‘유이나’가 엉망으로 만들어 놓은 창고를 정리하던 ‘오하나’는 ‘마메 할배’가 적어놓은 낡은 업무 일지를 보게 되고 거기에서 늘 제멋대로 굴고, 자신은 도저히 이해할 수 없다고 생각했던 엄마 ‘사츠키’에 관한 내용을 읽게 되면서 16세였던 엄마 역시 자신처럼 빛나고 싶어한 적이 있었다는 사실을 알게 되는데…

사람은 누구나 자신만의 세계를 가지고 있다. 친구들과 어제본 애니메이션의 이야기를 하는것이 혼죠 아키오의 세계.   같은 교실에 있지만 다른 세계에 살고 있는 듯한 소녀. 언제나 화려한 친구들에게 둘러싸여 밝게 웃고 있는 마키나 쥬리. 그녀의 세계를 아키오는 알고싶었다.   우연히 교실에 울려퍼진 쥬리의 벨소리. 쥬리에겐 다른 사람에게 알리고 싶지 않은 노래였지만 아키오는 그 노래에 빠지게된다.   하나의 곡에서 시작된 두 사람의 세계, 아르모니.