“이 시간이 좀 더 계속됐으면 좋겠어” 만약 단 3분간 시간을 멈출 수 있다면 당신은 무엇을 하겠습니까? 온 세상에 오직 두 소녀만이 살아 숨쉬는 3분 동안의 시간. 그 순간이 진짜로 있었음을, 잊지 않기를.
유명 드라마 '꽃보다 남자'의 원작 애니메이션 평범한 서민 가정의 고등학생인 마키노 츠쿠시는 우연한 일을 계기로 일본에서 이름만 들어도 아는 그야말로 초 부잣집 자제들만 다닌다는 명문 에토쿠 학원에 입학하게 된다. 그러나 동급생인 부잣집 학생들은 자신들의 비뚤어진 상류층 의식으로 인해 평범한 서민인 츠쿠시를 얕잡아보기 시작하고, 츠쿠시는 츠쿠시 나름대로 그런 시선에 굴하지 않는 학원 생활이 시작된다. 한편 이 학교에는 이런 수 많은 부잣집 자제들 중에서 부잣집 자제들이 있었으니 그 이름하여 F4. F4는 자신들의 막대한 재력과 강력한 카리스마와 잘생긴 외모로 다른 학생들 위에서 마음대로 군림하고 있었다. 그러던 도중 조용히 학교를 다니려던 츠쿠시와 F4의 리더 도묘지 츠카사가 서로 부딪치게 되는 사건이 일어나고, 그 날 이후 츠쿠시는 F4의 적으로서 학생들에게 상식 이하의 저열한 이지메를 당하게 된다. 하지만 츠쿠시는 이런 F4의 횡포에 굴하는 소녀가 아니였으니, 꿋꿋하게 일어서는 모습에 가해자인 츠카사 역시 눈길을 돌리게 되는데........
아름답고 고결한 교풍을 갖고 있는 명문 사립 오토타치바나 학원. 얌전하고도 소심한 16세 소녀, '쿠루스가와 히메코'는 이곳에서 그 누구보다도 평범한 학교 생활을 하고 있었다. 그녀에게 그나마 평범하지 않은 것은 '히메미야 치카네'라는 단짝 친구뿐. 이쁜 외모에 똑똑한 머리, 뛰어난 운동신경을 지닌 완벽한 치카네는 심지어 잘생긴 외모를 가진 '오오가미 소우마'와의 훈훈한 소문도 갖고 있었다.
불량학생인 오카자키 토모야는 어느날 학교 언덕길에서 후루카와 나기사라는 여학생과 만나게 된다. 토모야는 나기사와 여러가지 일을 겪게 되는데...
300년 후의 미래. 유전자 변이를 일으킨 식물들이 생각을 할 수 있게 되고, 숲은 사람들을 습격하게 된다. 숲과 인간이 공생하고자 마련한 중립도시에 살고 있는 아기토는 접근금지 구역인 샘의 바닥에서 300년 전부터 잠들어 있는 소녀를 만나게 된다. 이 소녀는 인간 문명 사회를 구할 열쇠를 쥐고 있는데...
