마법이 기술로 체계화 되어 약 1세기가 지난 2095년 4월. 마법사를 육성하는 국립 마법 대학 부속 제1 고등학교, 통칭 ”마법과 고교”두 남매가 입학했다. 한 사람은 마법사로 치명적인 결함을 안고 있는 ”열등생”의 오빠ㆍ타츠야. 또 한 사람은 완전 무결의 마법사로 칭송되는 ”우등생”의 여동생ㆍ미유키.  연인으로 오해 할 정도로 단란한 두 사람이지만, 불과 몇 년 전까지는 마치 안주인과 하인처럼 차가 워진 관계였다....

회사 출장지에서 호텔 실수로 같은 방을 쓰게 된 남녀 동기. 여자 동기, 일명 동기 짱은 주인공에게 이상한 짓 하면 사회적으로 죽일 거라며 단단히 주의를 준다. 하지만 그런 말을 한 것치곤 주인공이 씻으러 간 사이에 무방비하게 잠들어버리고, 그럼에도 진짜 아무것도 안 하는 주인공에게 불만을 품는 등 말과 행동이 일치하지 않는 모습을 보여주는데...

토우카 스콧은 체자 마을에서 무 농사를 짓는 평범한 농부 소년이다. 탱탱한 허벅지만 보면 정신을 못 차리는 엉큼한 토우카는 이상적인 허벅지 형태와 비슷한 무언가만 보면 하이삭스를 신기려고 하는 본능을 지니고 있다.  한편 실력 있는 마술사를 꿈꾸는 토우카의 소꿉친구 유나는 양갈래 머리에 예쁘장한 얼굴, 털털한 성격에 꿀벅지까지 소유한 토우카의 로망 그 자체다. 두 소년 소녀는 마을에서 티격태격하면서도 평화로운 슬로라이프를 즐기고 있었다.  토우카가 악마의 침입에 대비해 집 앞에 설치해둔 죽창 함정에 용사가 빠져 죽어버리기 전까지는!

살생님’과 낙오 클래스 3-E반 학생들의 기묘한 인연, 그 7년 후… 자신을 암살하라는 ‘살생님’의 밑에서 현상금을 걸고 싸우던 기막힌 학창 시절을 졸업하고, 이제 훌쩍 자란 모습으로 교실을 다시 찾은 ‘나기사’. ‘살생님’과 함께했던 버라이어티한 추억들에 미소 지우며 교실로 들어서는데, 아무도 없어야 할 교실에는 이미 먼......

주인공 아이린은 황태자에게 파혼을 당하면서 전생의 기억을 떠올린다. 현재 본인이 있는 곳은 전생의 그녀가 플레이했던 게임 속 세계!  결국 황태자에게 파혼당한 뒤 배드엔딩을 피하기 위해 게임공략을 기억해내며 해피엔딩을 위해 나아가는데, 과연 아이린은 각종 플래그를 회피하여 순조롭게 해피엔딩을 맞이할 수 있을까?

미래에서 온 수수께끼의 남자 패러독스. 가면 속에 숨은 그는 유세이의 에이스 몬스터 스타더스트 드래곤을 빼앗고 세계를 위협한다. 위기에 빠진 네오 도미노 시티를 구하기 위해 붉은 용의 힘으로 시공을 초월해 쥬다이를 만난 유세이는 패러독스의 음모를 알게 되고 전설의 듀얼리스트 '유우기' 의 시대로까지 그를 쫓아간다.그리고 유세이와 쥬다이는 세계를 구하기 위해, 유세이의 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 유우기와 힘을 합쳐 패러독스와의 마지막 결투를 펼치는데...