게임의 역사, 그것은 지금으로부터 5천년 전, 고대 이집트까지 거슬러 올라간다. 고대에 행해진 게임은 인간이나 왕의 미래를 예언하고 운명을 결정하는 마술적인 의식이었다. 그것들은 '어둠의 게임'이라 불렀다. 그리고, 지금 천년 퍼즐을 풀고 어둠의 게임을 계승한 소년이 있었으니... 빛과 어둠, 두 개의 마음을 가진 소년. 사람들은 그를 유희왕이라 부른다....

이 이야기는 크리스마스 전등으로 밝혀지는 뉴욕을 배경으로 하고 있다. 도쿄 경찰 아카리 키도 경관은 마녀 같은 캐릭터가 '크리스마스 파티' 장난을 당기는 국제 교류 연수 프로그램을 진행하면서 교통을 지휘하고 있다. 달아난 트레일러 트럭이 아카리를 덮치기 직전 갑자기 의문의 소녀가 나타나 

오빠 따위는 당장 때려치우고 싶은 짱구에게 닥친 사상 최대 위기의 순간! 여동생 짱아? 지구의 미래? 푸딩 때문에 여동생 짱아와 다투고 집을 뛰쳐나온 짱구! 그런 짱구 앞에 정체를 알 수 없는 수수께끼의 남자들이 나타난다. 그들은 여동생을 데리고 가겠다고 말하며, 짱아를 자신들에게 넘긴다는 계약서를 건넨다. 엉겁결에 우주계약서에 싸인 해 버린 짱구! 때마침 나타난 UFO에 짱구 가족들은 모두 납치되고 마는데… 짱구가족이 도착한 곳의 이름은 바로 `짱아별`?! 그곳에서 지구의 평화를 위해 짱아가 공주가 되지 않으면 안 된다는 사실을 알게 된다. 5살! 못말리는 오빠 짱구에게 닥친 사상 최대 선택의 순간! 지구의 평화를 유지할 것인가? 짱아를 구할 것인가?

갑자기 짱구 앞에 나타난 정체불명의 소녀 ‘레몬’! 그녀가 전한 액션가면으로부터의 비밀 메시지를 받은 짱구는 ‘액션 스파이’로 임명된다. 레몬과의 특별훈련으로 완벽한 액션 스파이로 변신한 짱구! 짱구에게 주어진 임무의 비밀은 무엇이며, 짱구를 선택한 레몬의 진짜 이유는? 최강 비밀 병기! “메가나와뿡2″를 둘러싼 거대한 음모가 시작된다!

약혼녀 다미에게 ‘5살의 나를 데려와줘!” 라는 말을 남기고 돌이 되어버린 어른 짱구. 한편, 별안간 나타난 다미에게 이끌려 ‘네오시티’로 향한 짱구와 친구들은 갑자기 나타난 노처녀 신부군단의 습격으로 다미와 헤어지고 마는데…

어느 날, 경찰들이 나타나 불발탄이 있다며 짱구와 엄마, 짱아, 흰둥이를 어디론가 데리고 간다. 짱구 가족들을 납치한 것은 ‘온천 가드맨’이라는 온천 수호단. 이들은 목욕을 싫어하는 ‘때안미러’단들이 ‘지구 온천화 계획’을 세우고 있다는 것을 알고는 전설의 온천인 ‘황금 온천탕’을 찾았던 것이다. 그리고 그 ‘황금 온천탕’이 짱구네 집 밑에 있다는 것을 알고 짱구 식구들을 몰래 데리고 온 뒤 그 집에서 온천을 찾기 시작한다. 하지만 미처 온천을 파내기도 전에 ‘때안미러’의 공격을 받기 시작하는데… 한편, ‘때안미러’의 두목인 때바라는 30년 전의 원한 때문에 목욕을 하기 싫어했고 그 복수심에 목욕을 좋아하는 모든 사람들을 없애기로 마음 먹었다. 그것을 위한 계획인 ‘지구 온천화 계획’을 착착 실행에 옮기기로 하지만, 온천 가드맨이 어떤 집에서 무엇인가를 찾고 있다는 사실을 알고 짱구 식구들과 그 보디가드인 온천 가드맨을 납치해 오는데…

아이들은 액션가면을 TV 속의 인물인줄만 알고 동경한다. 짱구는 친구들과 함께 액션 가면 카드를 사모으며 즐거운 하루를 보낸다. 드디어 여름방학이 시작되는데, 아버지가 갑자기 바다로 놀러가자고 한다. 그것은 지구를 지키는 액션가면이 그들을 바다로 유인해낸 것이다. 한편, 우주에서 온 그래그래 마왕은 지구를 지배하기 위해 사람들의 영혼을 빼앗아간다. 짱구는 지구를 지키기 위해 액션가면과 힘을 합치는데…