포켓몬 VS 복제 포켓몬 사상 초유의 대결이 펼쳐진다! 최고의 포켓몬 트레이너만을 초대하는 의문의 카드를 받게 된 지우와 친구들은 거센 폭풍우를 뚫고 포켓몬성으로 향한다. 하지만 그곳에서 그들을 기다리는 건, 인간에 대한 역습을 선언한 강력한 전설의 포켓몬 뮤츠. 뮤츠는 복제 포켓몬을 만들어 포켓몬 트레이너들에게 공격을 시작하고, 때마침 나타난 환상의 포켓몬 뮤와 함께 지우와 친구들은 운명을 건 피할 수 없는 대결을 시작하는데…
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
