포켓몬 VS 복제 포켓몬 사상 초유의 대결이 펼쳐진다! 최고의 포켓몬 트레이너만을 초대하는 의문의 카드를 받게 된 지우와 친구들은 거센 폭풍우를 뚫고 포켓몬성으로 향한다. 하지만 그곳에서 그들을 기다리는 건, 인간에 대한 역습을 선언한 강력한 전설의 포켓몬 뮤츠. 뮤츠는 복제 포켓몬을 만들어 포켓몬 트레이너들에게 공격을 시작하고, 때마침 나타난 환상의 포켓몬 뮤와 함께 지우와 친구들은 운명을 건 피할 수 없는 대결을 시작하는데…
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
그 이름이 입에 오르내리던 것은 이미 오래 전부터의 일. 올랑드 박사가 사람의 목소리를 받아적는 기계를 만들었다. 처음엔 사랑하는 아내를 위해 만들었던 기계였지만 언제부턴가 세계에 보급되고 그것을 대출·제공하는 기관도 생겼다. 「고객님이 원하신다면 어디든 달려가겠습니다. 자동 수기 인형 서비스 바이올렛 에버가든입니다.」 이야기책에서 튀어나온 것 같은 모습에 금발 벽안을 가진 여자는 무기질의 아름다움 그대로 영롱한 목소리로 그렇게 말했다.