어느 날 갑자기 아크 어스 온라인이라는 가상현실(VR)게임을 플레이하고 있던 플레이어들이 게임의 세계로 떨어져 새 삶을 살아가게 된다. 그런데 온라인 세계로 떨어지는 것에 플레이어마다 시간차가 있어서 주인공은 자신이 플레이하던 시점에서 약 30년 정도가 지난 시점으로 떨어지게 된다. 이후, 주인공은 옛 동료들을 찾아다니며 이런저런 사건에 휘말리게 된다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
