평범한 중산층인 우미노가와 호텔왕인 아마노가의 자식이 병원에서 우연히 뒤바뀌어지는 '운명의 사고'가 벌어진다. 우미노 나기, 아마노 에리카, 세가와 히로 이 3명 간의 러브 코미디가 시작된다. 한편, 나기가 자신의 친오빠가 아니란 걸 알게된 여동생 우마노 사치가 이상한 반응을 보이기 시작하는데... 그로 인해 우미노 나기, 아마노 에리카는 원래 자랐어야 환경과 가정을 서로 뒤바꾼 채 16년 동안을 성장하게 된다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
